本局設下列組、室、辦事處：
一、護照行政組，分四科辦事。
二、簽證組，分四科辦事。
三、文件證明組，分三科辦事。
四、護照製發服務組，分三科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
九、臺灣桃園國際機場辦事處。
十、中部辦事處。
十一、南部辦事處。
十二、東部辦事處。
十三、雲嘉南辦事處。