依本條例第四條規定之區域性排水工程，由各目的事業主管機關興辦。
農路、水路及有關工程，由縣（市）政府或行政院農業委員會農田水利署（以下簡稱農田水利署）興辦。
其由農田水利署興辦者，應由縣（市）政府與農田水利署將工程規劃、設計、發包、施工、驗收、經費撥付、決算、業務聯繫等先行協議，訂立協議書。