防護科掌理事項如下：
一、民防防護業務之規劃、執行、督導及考核。
二、防空疏散避難規劃、宣傳之督導、考核。
三、空襲防護之聯繫、協調。
四、協助重大災害應變之傳報、督導。
五、其他有關防護事項。