農地重劃工程科掌理事項如下：
一、農地重劃法令訂定及修正之研擬。
二、農地重劃計畫之擬訂、執行、推動及督導。
三、農地重劃區農水路更新改善計畫之擬訂、執行、推動及督導。
四、農地重劃工程之規劃、設計及施工監造。
五、農地重劃區農水路更新改善工程之規劃、設計及施工監造。
六、其他有關農地重劃工程事項。