本辦法依核子反應器設施管制法(以下簡稱本法)第六條第三項規定訂定之。
核子反應器設施經營者(以下簡稱經營者)應依下列規定提送相關資料經主管機關審查同意後，始得裝填核子燃料：一、預定初次裝填核子燃料十四個月前，提送核子反應器初次裝填申請書、終期安全分析報告及依本法第四條第一項規定擬訂之計畫。
二、預定初次裝填核子燃料三個月前，提送興建期間之檢查改善結果報告。
三、預定初次裝填核子燃料二個月前，提送運轉程序書清單、裝填計畫及起動測試計畫。
四、預定初次裝填核子燃料前，提送系統功能試驗報告。
前條終期安全分析報告，應載明下列事項：一、核子反應器設施概述及廠址特性評估。
二、結構、系統及組件之分析及評估。
三、核子反應器、反應器冷卻水系統、特殊安全設施、蒸汽與動力系統、儀控系統、電力系統、輔助系統等之分析及評估。
四、行政管理、放射性廢棄物管理、輻射防護管理、環境輻射監測管理、運轉管理及運轉技術規範。
五、初始測試計畫、品質保證計畫、保安計畫、消防防護計畫、緊急應變計畫及後端營運計畫。
六、事故與暫態分析。
七、人因工程、嚴重意外事故分析、安全度評估及整體可靠度評估。
八、其他經主管機關指定並發布之事項。
前項第七款規定於研究用核子反應器設施時，為實驗設施及實驗之規劃。
終期安全分析報告經主管機關核定後，其內容涉及本法施行細則第八條之重要安全事項者，非經書面報請核准，不得變更。
第二條第二款興建期間檢查改善結果報告，應載明下列事項：一、主管機關於核子反應器設施興建期間所開具之改善要求辦理情形。
二、初期安全分析報告審查結論應辦理事項執行情形。
三、安全相關及可靠度一級設備之結構、系統及組件品質不符案件處理情形。
四、其他經主管機關指定並發布之事項。
第二條第三款裝填計畫，應載明下列事項：一、組織分工、人員資格及訓練。
二、實施程序及時程。
三、輻射偵測儀器配置及輻射防護措施。
四、裝填期間圍阻體完整性之評估。
五、裝填期間應注意事項。
第二條第三款起動測試計畫，應載明下列事項：一、初次臨界前測試項目、目的、方法、條件及接受標準。
二、初次臨界及低功率運轉測試項目、目的、方法、條件及接受標準。
三、功率升載及不同功率階段測試項目、目的、方法、條件及接受標準。
四、運轉人員編組、值班計畫。
經營者於執行前項第一款至第三款測試前六十日，應完成程序書之訂定。
第二條第四款系統功能試驗報告，應載明下列事項：一、各項試驗之目的、方法、條件及接受標準。
二、各項試驗結果與原設計值之比較分析。
三、試驗結果不符合接受標準事項之原因、改善方式及評估結果。
四、其他經主管機關指定並發布之事項。
第三條第一項第五款保安計畫，應載明下列事項：一、保安工作之組織、管理、訓練。
二、保安區域之劃定及管制。
三、周界實體阻隔物、入侵偵測及警報監視系統。
四、保安通訊設施及協調軍事、警察機關支援事項。
五、保安系統測試、維護及各項紀錄保存。
六、門禁管制與進出人員查核措施(包括人員酒精及毒品防制篩檢方案)。
七、警衛之佈署與運用。
八、保安事件應變及防範內部破壞措施。
九、保安系統整體效能評估。
十、其他經主管機關指定並發布之事項。
前項第四款協調軍事、警察機關支援事項規定，於研究用核子反應器設施時，為協調警察機關支援事項。
第三條第一項第五款消防防護計畫，應載明下列事項：一、消防工作之組織、管理、消防能力評估、相關單位之消防及救護支援事項。
二、火災災害分析與影響評估、火警偵測、防火設計及措施。
三、有關防火與消防設備之佈置、測試、維護、人員訓練及相關紀錄之保存。
四、其他經主管機關指定並發布之事項。
經營者應提送核子反應器初次臨界前測試報告，經主管機關審查同意後，始得初次臨界。
經營者應提送核子反應器初次臨界及低功率運轉測試報告，經主管機關審查同意後，始得進行汽輪發電機初次併聯。
研究用核子反應器設施不適用前項規定。
經營者應於每一預定功率階段測試完成後，提出該階段測試報告，經主管機關審查同意後，始可進入次一階段；全功率階段測試完成後，應提出該階段測試報告。
經營者應於主管機關同意初次裝填核子燃料之日起，十八個月內提出運轉執照申請。
未能於期限內申請者，得於期滿前一個月至三個月內，以書面敘明理由，報請主管機關同意後延長之。
經營者應於預定正式運轉一年前提報環境影響評估報告審查結果相關事項辦理情形，並於完成功率試驗後，填具核子反應器設施運轉執照申請書，檢附最新版終期安全分析報告、各功率階段測試結果綜合報告及申請者財務保證說明，報請主管機關審核同意並發給運轉執照後，始得正式運轉。
經營者取得核子反應器設施運轉執照後，應於下列期限內更新其終期安全分析報告，報請主管機關備查：一、運轉執照取得二年內完成初次更新。
共用一套終期安全分析報告之核子反應器設施，以最後取得運轉執照之時間起算。
二、每次機組大修完成後六個月內完成更新。
共用一套終期安全分析報告之核子反應器設施，以最後完成大修之時間起算。
研究用核子反應器設施終期安全分析報告，經營者應每十年更新一次，報請主管機關備查，不受前項規定之限制。
核子反應器設施運轉執照有效期間累積達四十年，仍須繼續運轉者，經營者應於執照有效期間屆滿前五年至十五年，填具核子反應器設施運轉執照換照申請書，並檢附下列報告，報請主管機關審核：一、整體性老化評估及老化管理報告。
二、時限老化分析報告。
三、相關終期安全分析報告及運轉技術規範之增修內容。
四、其他經主管機關指定並發布之事項。
研究用核子反應器設施運轉執照之換發申請，經營者應於執照有效期間屆滿六個月前，填具核子反應器設施運轉執照換照申請書，並檢附終期安全分析報告及老化管理報告，報請主管機關審核。
主管機關收受申請書件後，認有應補正情形者，應詳列補正所需資料，通知申請者限期補正，屆期未補正或補正書件不符規定者，主管機關不受理其申請案。
主管機關收受申請書件後，應於審查期限內作成審查結論。
前項審查期限，由主管機關公告之，但不包括下列期間：一、相關主管機關釋示法令或會商其他機關(構)未逾六十日之日數。
二、其他不可歸責於主管機關之日數。
前條第一項審查結論認為應予許可者，主管機關應核准申請案。
第十九條第一項審查結論認為應不予許可者，主管機關應駁回申請案。
本法施行前依原子能法規定核發之核子反應器使用執照，其經營者得於使用執照有效期間屆滿前，檢送最新版終期安全分析報告送請主管機關審核後，發給運轉執照，其累積運轉期間最長為四十年，期滿仍須運轉者，依第十六條規定辦理。
經營者於原使用執照及換發運轉執照累積之有效期間，應依本法第九條規定每十年至少實施一次整體安全評估，並請報主管機關審核。