第一章總則
中央政府各機關(以下簡稱各機關)特種基金之設立、保管、運用、考核、合併及裁撤，除法令另有規定外，依本準則之規定。
本準則所稱特種基金，依預算法第四條第一項第二款規定，分為營業基金、債務基金、信託基金、作業基金、特別收入基金及資本計畫基金。
營業基金應依企業化經營原則，提升營運績效，除獨占性或依政策設置者以追求合理盈餘為目標外，應以追求最高盈餘為目標。
信託基金應依其所定條件管理或處分。
其他特種基金除應達成基金設置目的外，並以追求最高效益為原則。
每一特種基金為一獨立計算債權、債務、損益或餘絀之會計個體，均應分別處理，除符合預算法第十八條第二款規定者外，均應編製附屬單位預算。
第二章特種基金之設立
各機關申請設立特種基金時，應事先詳敘設立目的、基金來源及運用範圍，層請行政院核准。
但法律、條約、協定、契約、遺囑等已有明定者，不在此限。
前條經行政院核准設立之特種基金，均應編列預算完成法定程序後，始得設立。
第三章特種基金之保管、運用及考核
特種基金之設立於完成預算程序後，主管機關應即擬具收支保管及運用辦法，報請行政院核定發布，並送立法院。
前項收支保管及運用辦法，屬於撥充國營事業機關股本或資本之各類營業基金，應依國營事業管理法規定辦理，得不另訂定。
前條所定收支保管及運用辦法，應載明下列事項：一、基金設立之目的。
二、基金之性質。
三、管理機關。
四、基金來源。
五、基金用途。
六、預、決算處理程序。
七、財務事務處理程序。
八、會計事務處理程序。
九、其他有關事項。
特種基金預算之編製、審議及執行，應依預算法之規定辦理。
依法設立之信託基金，每年應分別編製營運及資金運用計畫，由主管機關函送立法院。
各特種基金盈(賸)餘分配及虧損(短絀)填補之原則如下：一、營業基金依預算法第八十五條規定辦理。
二、信託基金依其所定條件辦理。
三、營業及信託基金以外特種基金之賸餘分配及短絀填補之項目如下：(一)賸餘分配：1填補歷年短絀。
2提列公積。
3撥充基金或解繳國庫。
4其他依法律應行分配之事項。
5未分配賸餘。
(二)短絀填補：1撥用未分配賸餘。
2撥用公積。
3折減基金。
4國庫撥款填補。
5待填補短絀。
每一特種基金均應訂定會計制度，凡性質相同或類似之基金，其會計制度得為一致之規定。
各特種基金資金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依國庫法及其相關法令規定辦理。
各特種基金之主管機關對所管各特種基金之運用情形，應切實督導考核；其辦法，由各主管機關定之。
各特種基金有關收支之執行成效，得由審計部、財政部或中央主計機關依法隨時實地調查。
第四章特種基金之合併及裁撤
各機關所管特種基金，如因性質相同，必要時，得經行政院核准予以合併。
各特種基金因情勢變更，或執行績效不彰，或基金設置之目的業已完成，或設立之期限屆滿時，應裁撤之。
特種基金之裁撤，由主管機關報經行政院核准後為之；必要時，由行政院逕行裁撤之。
第五章附則