本辦法依行政院功能業務與組織調整暫行條例（以下簡稱本條例）第十九條規定訂定之。
本辦法所稱軍職人員如下：一、原行政院海岸巡防署所屬志願役之軍官、士官及士兵。
二、前款人員休職、停職及留職停薪者。
移撥之軍職人員，由新職機關於法定編制內，以與原任職務官等、官階及專長相當之職務，辦理派職。
但法定編制已無相當官等、官階及專長職務可資改派時，得高階低用或調任其他專長職務，並由新職機關於移撥一年內安排專長轉換訓練。
移撥之軍職人員所任新職為職務陞遷者，其待遇應按新職標準支給。
前項以外之移撥軍職人員，所任新職之待遇應依下列規定辦理：一、俸額、專業加給依原列官階（俸級）標準支給。
二、新職所支專業加給及主管職務加給較原支數額為低者，准予補足差額，其差額並隨同待遇調整而併銷。
三、主管人員經調整為非主管人員者，不再支領主管職務加給。
但新職所支本俸及專業加給合計數額如較原支本俸、專業加給及主管職務加給之合計數額為低者，准予補足差額，其差額並隨同待遇調整而併銷。
四、各項加給除本辦法有特別規定外，依軍職人員身分之相關法令規定辦理。
五、地域加給、其他法定加給及各項獎金，應依新職機關所適用之規定辦理。
前項第二款及第三款所稱待遇調整，指全國軍公教員工待遇之調整、職務調動（升）、俸級晉支所致之待遇調整。
第二項人員再調任其他機關職務者，其待遇應按新職所列之官階（俸級）標準支給。
配合行政院組織調整者，其原經核准之訓練進修，依下列方式處理：一、移撥之軍職人員，其已報經原服務機關同意參加國內訓練進修或訓練進修中者，新職機關應准其繼續訓練進修，並依原服務機關核給之假別給假；其訓練進修補助費，除當學期仍依原服務機關核給之金額或比例補助外，其後各學期之補助，應依新職機關之規定辦理。
二、移撥之軍職人員，其已選送或自行申請國外進修，並已出國進修者，新職機關仍應准其繼續進修至期限屆滿，並列管及監督其履行義務；尚未出國之人員，其原核准之進修計畫與新職機關之業務相關者，新職機關得准予繼續辦理。
接受機關補助之選送或自行申請國內外進修人員，於進修期間，依第八條規定辦理退伍時，仍准其繼續進修。
關於進修費用補助之計算基準，其進修方式係採學期制者，以學期開始日至退伍生效日之期間，占全學期期間之比例折算；其進修方式非採學期制者，則以實際進修日至退伍生效日之期間，占全部進修期間之比例折算，予以補助。
選送國外進修人員返國後，應依規定檢據核銷所領補助。
軍職人員已核定支領撫卹金，依法辦理退伍或隨業務移撥新職機關，原服務機關經裁撤或整併者，所需撫卹經費，以其業務承受機關或主要業務承受機關編列預算支付。
軍職人員配合行政院組織調整須精簡，經服務機關同意，於組織業務調整生效日前七個月內依法辦理退伍，除依規定發給退除給與外，其屆滿現役最大年齡或年限前七個月以上者，並一次加發七個月之俸給總額慰助金。
但非屬退除年資滿二十年之校級以上軍官者，應由服務機關優先安置，無法安置者，由行政院海岸巡防署協洽國防部安置。
前項人員每延後一個月退伍者，減發一個月之俸給總額慰助金，遞減至優惠退離期間期滿，不再發給。
未屆滿現役最大年齡或年限前七個月者，依提前退伍之月數，每提前一個月發給一個月之俸給總額慰助金。
前二項人員於退伍生效日起七個月內，再任有給公職時，應由再任機關按比例收繳原加發之俸給總額慰助金，並繳回原給與機關或整併改隸機關或上級主管機關。
前三項所稱俸給總額慰助金，指退伍當月所支俸額、專業加給及主管職務加給。
第二項所稱每延後一個月之期間，指自本條例第十一條第一項所定優惠退離期間起始日之次月同一日起，至再次月同一日之前一日止，依此類推；所稱每提前一個月之期間，指自屆滿現役最大年限或年齡辦理退伍生效日前一個月之同一日起，至再上個月同一日之次一日止，依此類推。
加發俸給總額慰助金所需預算，由原服務機關編列預算支應。
休職、停職及留職停薪之軍職人員，因行政院組織調整而隨同移撥者，由原服務機關列冊交由新職機關繼續執行。
留職停薪人員提前申請復職者，應准其復職。
依法復職或回職復薪人員，不願配合行政院組織調整移撥者，得依第八條第一項規定辦理退伍。
請延長病假、因公傷病請公假或奉派參加與職務有關之訓練進修核給公假人員，於請假期間，經移撥安置者，並繼續給假。
第一項人員於組織業務調整生效日以後復職或回職復薪者，其相關權益得依第三條及第四條規定辦理。
機關組織調整之前一年度移撥之軍職人員考績作業規定如下：一、行政院組織改造涉及之機關或其授權之所屬機關應於組織調整之前一年度十二月三十一日前完成考績審查、核覆及相關表冊繕造作業，送交受考人新職機關核發考績獎金，並於次年四月三十日前將年度考績成果檢討分析表報送主管機關彙整。
二、各機關考績作業未能依限辦理時，應由其主要業務承受機關或授權之所屬機關接續辦理。
本辦法自中華民國一百年四月八日起施行，至本條例施行期限屆滿時止。