第一章總則
本辦法依科學園區設置管理條例（以下簡稱本條例）第二十二條第三項規定訂定之。
科學園區管理局（以下簡稱管理局）辦理科學園區內（以下簡稱園區內）下列各款有關貿易業務事項：一、貨品輸出入申請案之審核及發證。
二、有關原產地證明書申請案之審核及發證。
三、有關輸出入貨品通關自動化事項。
四、接受其他機關委託辦理業務。
五、其他有關園區內貿易業務事項。
園區事業有關外匯業務由中央銀行指定辦理外匯業務之銀行（以下簡稱指定銀行）辦理之。
園區內有關貿易之重要措施，應由管理局函請經濟部國際貿易局同意或備案。
園區事業經管理局核准得兼營其業務相關之進出口業務。
前項兼營貿易業務應辦妥相關變更登記，增列兼營與營業相關之貿易項目。
園區事業得以電子文件方式使用科學園區通關系統，辦理貨品輸出入之簽證、通關及儲運手續。
園區事業使用前項科學園區通關系統，應先向管理局申請核准。
第二章通關自動化作業
園區事業以電腦連線及電子資料傳輸方式使用科學園區通關系統向管理局或海關申請辦理有關輸出入貨品時，其所傳輸之資料或檢送之文件及表報，內容均應確實，如有疏誤，應於規定時限內申請更正。
經管理局核准使用科學園區通關系統之園區事業，得委託經管理局核准入區作業之報關業代為申辦科學園區通關系統作業。
使用科學園區通關系統之園區事業，應與通關自動化相關業務單位分別訂立契約同意以電子文件方式扣繳相關各項費用。
前項相關業務單位，為應園區事業之需要，應繕製各項有關單據說明，交園區事業持用。
園區事業以電子文件通關時，應依據發票、提單等有關文件申報。
第三章貨品輸出國外
園區事業貨品之輸出，依下列規定辦理：一、屬貿易主管機關公告應申請簽證之貨品，應先向管理局申請核發輸出許可證，並將該貨品存放指定地點，再向海關申請辦理通關手續。
但依其他法令須由其他機關審查或發證者，應依該機關相關規定辦理。
二、屬經濟部公告之戰略性高科技貨品，應先向管理局申請戰略性高科技貨品輸出許可證，經核准後，再向海關申請辦理通關手續。
三、前二款以外之貨品，逕向海關申請辦理通關手續。
前項輸出貨品，涉及商標標示、著作權、產地標示者，應依貨品輸出管理辦法規定辦理；受輸出配額管制時，應依貿易主管機關之規定辦理；屬於管制出口之軍事用品，應先取得國防部之同意文件。
前項產地標示，因貨品特性或包裝情況特殊致無法依規定標示者，得經專案核准，免予標示。
輸出許可證有效期限為自簽證之日起三十日。
但貿易主管機關另有規定者，從其規定。
輸出許可證不得申請延期；未能於有效期間內出口者，申請重簽時，應將原輸出許可證申請註銷。
第四章貨品自國外輸入
貨品輸入園區，依下列規定辦理：一、屬貿易主管機關公告應申請簽證之貨品，應先向管理局申請核發輸入許可證後，再向海關申請辦理通關手續。
但依其他法令須由其他機關審查或發證者，應依該機關相關規定辦理。
二、依出口國政府規定，應取得我國核發國際進口證明書或其他相關保證文件之戰略性高科技貨品，應先向管理局申請戰略性高科技貨品國際進口證明書或戰略性高科技貨品進口保證書，經核准後再向海關申請辦理通關手續。
三、屬兼營貿易類貨品，園區事業應依第五條第二項規定，辦妥相關變更登記，增列兼營與營業相關之貿易項目後，再向海關辦理通關手續。
四、前三款以外之貨品，逕向海關申請辦理通關手續。
園區事業匯入投資股本或貸款，以外幣方式存於指定銀行者，如於驗資後再匯出購買機器設備配件或原料（原料僅限投資股本），其動用後應檢附相關證明文件向管理局報備。
前項外幣存款一經動用，即不得申請還原或循環使用。
園區事業輸入之貨品依法令規定由其他主管機關審查或發證者，得由管理局洽請該主管機關辦理。
園區事業輸入貿易主管機關公告應申請簽證之貨品者，應填妥輸入許可證申請書表並檢附相關文件，向管理局申請簽證。
輸入許可證有效期間為自簽證之日起六個月。
但貿易主管機關另有規定者，從其規定。
園區事業預期進口貨品不能於有效期間內裝運者，得敘明理由並填妥申請書表檢附相關文件，向管理局申請延期。
園區事業得於有效期限屆滿前，繕打輸入許可證更改申請書，連同原輸入許可證及有關證件向管理局申請更改輸入許可證所載各項內容。
但申請人名稱，除經核准變更登記者外，不得更改。
第五章園區與課稅區貨品之輸出入
園區事業將貨品輸往課稅區或自課稅區輸入貨品時，依下列規定辦理：一、屬貿易主管機關公告應申請簽證之貨品，應先向管理局申請核發向課稅區輸出或自課稅區輸入許可證，再向海關申請辦理通關手續。
二、屬經濟部公告之戰略性高科技貨品，應先經管理局核准後，再向海關申請辦理通關手續。
三、讓售自國外輸入免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅之自用機器、設備至課稅區，應經管理局核准後，再向海關申請辦理通關手續。
四、前三款以外之貨品，逕向海關申請辦理通關手續。
前項輸往課稅區貨品應依科學園區保稅業務管理辦法相關規定，接受檢查人員之稽查。
園區與課稅區或加工出口區間輸出入之貨品及園區事業間相互交易，以外幣收付者，應透過在指定銀行開立之外匯存款帳戶存撥之。
樣品、廣告品屬輸往課稅區陳列性質者，應在特定場所公開陳列或展覽，並由接受陳列或展覽單位出具收據，且須保證不作其他使用。
在國內陳列之樣品、廣告品日久損壞、已失效或停止生產者，應運回園區保稅範圍內依廢品下腳處理，或按其現值補稅後出售。
第六章附則
園區事業未申請使用科學園區通關系統之報關，不適用第二章之規定，仍依其他各章有關規定辦理。