科技部南部科學園區管理局（以下簡稱本局）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本規程。
局長綜理局務，並指揮、監督所屬人員；副局長襄助局長處理局務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本局設下列組、室：一、企劃組，分三科辦事。
二、投資組，分三科辦事。
三、環安組，分三科辦事。
四、工商組，分二科辦事。
五、營建組，分三科辦事。
六、建管組，分三科辦事。
七、秘書室，分二科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
企劃組掌理事項如下：一、園區籌設、遴選及擴建評估之推動。
二、園區發展政策、策略及相關措施規劃之推動。
三、園區創新與創業環境之策劃及推動。
四、本局施政計畫及施政成果之研擬、管理。
五、本局行政革新、行政類研究發展與服務品質之推動及管理。
六、本局公務及作業基金概算之研擬綜整。
七、園區作業基金財務之規劃、調度及分析。
八、法規、契約、爭訟、法律諮詢等法制。
九、其他有關園區發展、綜合企劃及財務規劃事項。
投資組掌理事項如下：一、園區有關投資招商策略之研析、投資法規之研擬、投資資料之統計。
二、園區有關科學事業投資案件之諮詢、解答、審查及招商。
三、園區有關科學事業投資業務重要措施之研議、協調及聯繫。
四、科學技術研究創新及發展之推動。
五、科學技術人才訓練與人力資源之獲得及調節。
六、園區育成事業之協助、學術研究發展機構進駐園區之吸引及產學合作平臺之建構。
七、園區對外宣導、形象推廣、宣傳資料、紀念品、空拍及簡訊之規劃及執行。
八、園區國際合作、國內外禮賓接待及與駐外相關單位之協調聯繫。
九、其他有關投資引進、產學研發及業務推展事項。
環安組掌理事項如下：一、園區勞工行政業務之執行。
二、勞工育樂活動之規劃及辦理。
三、園區安全防護體系、警安、災害防救與緊急應變之規劃及協調。
四、外籍專門性技術人員之聘僱許可。
五、園區民防及消防業務之協調。
六、園區職業安全衛生管理及勞動檢查。
七、園區環工中心及資源再生中心之營運管理。
八、園區環境保護工作之規劃及推動。
九、其他有關勞工、工作安全及環保事項。
工商組掌理事項如下：一、園區廠商之工商登記（含公司登記、工廠登記、動產擔保交易登記）之規劃及執行。
二、園區工商行政業務之推動、執行及法規研擬。
三、園區事業減免稅捐相關證明之核發及財務狀況之查核。
四、貿易、保稅與園區事業管理費收取法規之研擬。
五、貿易、原產地證明書核發、貨品輸出入簽證、保稅與園區事業管理費相關業務之規劃及執行。
六、園區通關系統業務面需求之規劃整合。
七、園區儲運業務之管理。
八、服務業入區之審議及輔導管理。
九、園區工商團體業務協調聯繫。
十、園區實驗中學業務之協調。
十一、其他有關工商行政、外貿服務及服務業管理事項。
營建組掌理事項如下：一、園區土地開發工程之設計及執行。
二、園區交通及停車場之管理。
三、園區供水供電之規劃、協調與管理、用水用電計畫之審核及電氣技術證照之核發。
四、園區排水防洪設施之操作維護管理。
五、園區道路及公園景觀之建設。
六、道路設施、公園景觀之維護。
七、園區道路挖掘許可證之核發。
八、其他有關營建及水電交通事項。
建管組掌理事項如下：一、園區規劃與相關計畫之擬訂及審議。
二、園區都市計畫之檢討與變更、非都市土地之檢討與變更編定、都市設計審議、土地使用管制、建築管理相關證明及證照核發。
三、園區土地之取得及管理。
四、公有財產之登記、管理及收益。
五、園區標準廠房、住宅及其他公有建物之建設。
六、園區廠房、宿舍之規劃租售管理及相關設施、設備之維護管理。
七、園區公共藝術設置、永續生態規劃及管理、文化遺址保護之推動。
八、其他有關建管、地政租賃及公有建物之建設事項。
秘書室掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、本局辦公廳、宿舍等不動產之取得及管理配置。
四、本局辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等營繕工程之審查、協調及督導。
五、本局辦公廳、宿舍、檔案、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。
六、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
七、工友（含技工、駕駛）之管理。
八、不屬其他各組、室事項。
本局處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。