為預防及整治土壤及地下水污染，確保土地及地下水資源永續利用，改善生活環境，增進國民健康，特依土壤及地下水污染整治法（以下簡稱本法）第二十八條第一項規定，設置土壤及地下水污染整治基金（以下簡稱本基金），並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以行政院環境保護署（以下簡稱本署）為主管機關。
本基金之來源如下：一、土壤及地下水污染整治費收入。
二、污染行為人、潛在污染責任人或污染土地關係人依本法第四十三條、第四十四條規定繳納之款項。
三、土地開發行為人依本法第五十一條第三項規定繳交之款項。
四、本基金之孳息收入。
五、本法中央主管機關循預算程序之撥款。
六、環境保護相關基金之部分提撥。
七、環境污染之罰金及行政罰鍰之部分提撥。
八、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、各級主管機關依本法第七條第一項與第五項、第十二條第一項、第五項至第六項、第八項至第十項與第十三項、第十三條第一項與第二項、第十四條第一項與第三項、第十五條、第二十二條第一項、第二項與第四項、第二十四條第三項至第五項及第二十七條第一項與第二項規定查證、採取應變必要措施、監督、訂定計畫、審查計畫、調查計畫、評估、實施計畫、變更計畫支出之費用。
二、基金求償及涉訟之相關費用。
三、基金人事、行政管理費用、土壤、地下水污染預防及整治相關工作人事費用。
四、各級主管機關執行土壤及地下水污染管制工作費用。
五、土壤、地下水污染查證及執行成效之稽核費用。
六、涉及土壤、地下水污染之國際環保工作事項之相關費用。
七、土壤、地下水品質監測及執行成效之稽核事項之相關費用。
八、關於徵收土壤、地下水污染整治費之相關費用。
九、關於土壤、地下水污染之健康風險評估及管理事項之相關費用。
十、土壤、地下水污染整治技術研究、推廣、發展及獎勵費用。
十一、關於補助土壤、地下水污染預防工作事項。
十二、其他經本法中央主管機關核准有關土壤、地下水污染整治之費用。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金之收支、保管及運用，由土壤及地下水污染整治基金管理會辦理。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。