本辦法依財團法人法（以下簡稱本法）第九條、第十九條第三項第六款、第二十一條第三項、第二十四條第三項、第二十五條第五項、第七項、第五十條第二項及第六十一條第二項規定訂定之。
本辦法所稱環境保護財團法人（以下簡稱環境保護法人），指依捐助章程規定主要業務係從事公益性環境保護業務，且其受益範圍非僅及於單一直轄市、縣（市）行政區域，經行政院環境保護署（以下簡稱本署）許可設立，並向法院登記之全國性財團法人。
環境保護法人設立時，其最低捐助財產總額為新臺幣一千五百萬元。
一、以現金設立者，不得低於最低捐助財產總額。
二、以現金、不動產或有價證券設立者：其現金總額之比率應達最低捐助財產總額之百分之八十。
本辦法施行前依行政院環境保護署審查環境保護財團法人設立許可及監督要點規定，經本署審查許可，取得許可文書，向該管法院完成登記已設立之環境保護法人（以下簡稱已設立法人），其最低捐助財產總額不受前項之限制。
環境保護法人依本法第十九條第三項第六款規定，本於安全可靠之原則進行投資時，其項目及額度如下：一、項目：以新臺幣保本型金融商品為限。
二、額度：以法人登記財產總額百分之二十為上限。
已設立法人之投資，投資項目不符合前項規定者，應於本辦法施行後一年內補正。
本法第二十一條第二項第三款所定財團法人當年度對個別團體、法人或個人所為之辦理獎助或捐贈之一定金額，為新臺幣五十萬元。
民間捐助之環境保護法人在法院登記之財產總額達新臺幣一億元以上或年度收入總額達新臺幣二千萬元者，應建立內部控制及稽核制度，併同次年度決算，一併報本署備查。
政府捐助之環境保護法人，應建立內部控制及稽核制度，報本署核定。
前二項環境保護法人之財務報表除應經會計師查核簽證外，並應依下列環境保護法人誠信經營規範指導原則，訂定誠信經營規範：一、實踐章程所訂宗旨。
二、遵守法令。
三、堅守利益迴避。
四、財務透明。
五、資訊公開。
六、自主管理。
七、防範活動或服務損害利害關係人。
前條第一項之環境保護法人依本法第二十五條第一項所定應送本署備查之資料如下：一、工作計畫。
二、經費預算。
三、工作報告。
四、財務報表。
前項第一款至第三款之格式、項目、編製方式及應記載事項，應依附表一至附表三所定表單辦理。
第一項第四款應依環境保護財團法人會計處理及財務報告編製準則第十六條所定財務報告之格式辦理。
環境保護法人依本法第二十五條第一項及第二項應送本署備查相關資料，得以書面送達或電子資料傳輸至本署指定網站備查。
電子資料傳輸之流程如下：一、以線上申請帳號及密碼登入。
二、傳輸第一項所定資料之檔案。
三、確認送出。
政府捐助之財團法人之基金，全部或一部係由依法律設立之公法人捐助或捐贈者，應由公法人以書面向本署推薦代表擔任本署依本法第四十八條為其遴聘之董事及本法第四十九條為其遴聘之監察人；其推薦擔任之董事、監察人人數各自應有四分之一，非整數時，以四捨五入方式計算。
前項應由公法人推薦代表擔任之董事、監察人人數，占各該環境保護法人董事、監察人總人數之比率，於環境保護法人設立或每次改選時，應依各公法人所捐助及捐贈基金之合計數占該環境保護法人登記財產總額之比率計算，其非整數時，以四捨五入方式計算。
政府捐助之財團法人，對其專任董事長及其他從業人員薪資之支給方式與支給基準，應審酌本法第五十三條第二項所列因素，訂定薪資基準，提經董事會通過後，報本署核准。
薪資基準變更時，亦同。
前項薪資基準，除因羅致不易或具有專長特殊者外，其上限如下：一、董事長以不超過本署署長待遇為限。
二、其他從業人員：經理人以不超過本署署長待遇為限；其餘人員以不超過本署政務副署長待遇為限。
政府捐助之財團法人，對其專任董事長及其他從業人員之獎金及其他給與，在相當本署及所屬機關（構）員工支給項目及基準範圍內，就支給項目、對象、數額、上限及其他條件，訂定獎金發放基準，提經董事會通過後，報本署核准。
獎金發放基準變更時，亦同。