本辦法依環境影響評估法(以下簡稱本法)第二十五條規定訂定之。
開發行為涉及軍事秘密或緊急性國防工程之環境影響評估作業，依本辦法之規定辦理。
本辦法專用名詞，定義如下：一、秘密性國防工程：指軍事設施或國防工程，依其位置、用途、構造及特性等，非予以全部或部分保密，對國防將有嚴重影響者。
二、緊急性國防工程：指軍事設施或國防工程基於戰備需要，非迅速進行對國防將有嚴重影響者。
前項軍事設施或國防工程，包括各級司令部、軍事基地、要塞、軍用機場、兵工廠、軍械庫、彈藥庫、油庫、軍港水域與其附屬設施、防空、海防、邊防、雷達通訊監視、軍事實驗、觀測氣象及其他禁行地區之有關設施或工程。
開發行為涉及軍事秘密或緊急性國防工程，對環境有不良影響之虞者，應實施環境影響評估；其認定，依開發行為應實施環境影響評估細目及範圍認定標準規定辦理。
國防部就前條開發行為，應先敘明其涉及軍事秘密或緊急性國防工程之理由，並檢具相關資料，報請行政院核定後，依本辦法規定辦理環境影響評估作業。
開發行為經依前條規定報行政院核定後，開發單位於規劃時，準用開發行為環境影響評估作業準則實施環境影響評估，並作成評估說明書後，向國防部提出；由國防部邀集環境保護相關學者專家及有關機關審查，並據以修正評估說明書。
國防部就前項修正之評估說明書，應徵詢行政院環境保護署意見後，始得許可開發行為。
第一項評估說明書應記載事項，準用本法第六條第二項規定。
前條第一項所定評估說明書之審查，其作業程序不受本法第二章相關規定之限制。
依第七條第一項及第二項規定參與評估說明書審查及提供意見之相關人員，對環境影響評估審查內容，應予保密。