本辦法依公害糾紛處理法(以下簡稱本法)第四十三條第二項規定訂定之。
公害糾紛事件之調處費、裁決費、鑑定費及證據調查費用之計算及收取，依本辦法之規定。
公害糾紛之當事人申請調處及裁決者，應向該管調處委員會及裁決委員會繳納調處費及裁決費。
公害糾紛事件因損害賠償而申請調處及裁決者，每件收取調處費及裁決費新台幣三千元。
公害糾紛事件非因損害賠償而申請調處者，每件收取調處費新台幣一千元。
前二條情形並為請求時，其調處費及裁決費分別計算收取之。
多數有共同利益之公害糾紛當事人，依本法第十九條第一項及第四十條規定共同申請調處及裁決者，其調處費及裁決費，依前三條規定計算收取。
前項規定，於有共同利益之第三人加入調處及裁決程序時，準用之。
處理程序進行中，因請求事項變更或追加，應加收調處費及裁決費時，依第四條至第六條規定，分別計算追繳其差額。
公害糾紛之當事人向當地主管機關申請鑑定受害原因，於查明原因後，再依本法申請調處時，其調處費依第四條至第六條規定，減半收取。
公害事件之申請人申請調處時，有本法施行細則第二十四條所定情形者，於申請裁決時，其裁決費，依第四條至第六條規定，減半收取。
公害糾紛之當事人向該管之調處委員會、裁決委員會申請調處及裁決後撤回申請者，其已繳納之費用，不得申請退還。
調處委員出外調查證據之交通費、食宿費，證人、鑑定人之交通費、滯留期間之食宿費，依國內出差旅費規則所定薦任人員交通費、住宿費及膳雜費給與標準計算。
抄錄費、翻譯費、郵電費、運送費、登載新聞紙費及其他有關證據調查費用，依實支數額計算。
前二項費用，由政府先行支付，如經確定其中一造當事人應負公害糾紛責任時，由該當事人負擔之，並負責返還政府。
調處委員會依本法第二十五條委託鑑定時，應由該專家、學者或機關、機構、團體於鑑定前提出鑑定計畫書及總費用數額之請求，由調處委員會視公害糾紛事件之繁簡酌定之。