為加強醫藥衛生之研究，以增進國人之健康福祉，特設財團法人國家衛生研究院(以下簡稱本院)，並制定本條例。
本院為財團法人，其設置依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他法律之規定。
本院創立基金為新台幣二十億元，由中央政府分年編列預算捐助之。
本院經費來源如下：一、創立基金之孳息。
二、政府補助專案研究計畫經費。
三、國內外公、私立機構、團體或個人之捐贈。
四、受託研究及提供服務之收入。
本院設董事會，置董事十一人至十五人，其中三人為聘任，餘為選任。
聘任董事，由行政院院長就行政院衛生署署長及其他有關機關首長聘任之。
選任董事，首屆由行政院院長就醫藥衛生學者、專家及製藥業者選任之，任期三年；任滿或出缺時，由董事會選任之，連選得連任，但連任者不得超過總人數三分之二。
董事會置董事長一人，由行政院院長聘任之；置執行秘書一人，襄助處理董事會事務，由董事會聘任之。
董事會置常務董事五人，除董事長為當然常務董事外，餘由董事互選之，連選得連任。
本院置院長一人，由董事會聘任之；副院長一人，由院長提請董事會聘任之。
院長受董事會之指揮、監督，綜理院務；副院長襄理院務。
本院置諮詢委員九人至十七人，任期三年，由董事會遴聘之。
本院董事、董事長及諮詢委員均為無給職。
本院之組織編制及專任人員之任免、薪給、福利、退休、撫卹等，其辦法由董事會通過後報請主管機關核定之。
本院因業務需要，經董事會通過後，得於國內醫藥衛生相關研究機構，設立分支研究單位。
本院於年度開始前應擬定工作計畫及收支預算；年度終了後應編具工作執行成果及收支決算，由董事會通過後陳報主管機關，再由主管機關報請行政院轉送立法院審查。
本院因情勢變更，不能達到設置目的時，得經董事會決議或經主管機關宣告，依法解散之；解散後依法清算，其賸餘財產歸屬於中央政府，其人員應予解聘。