為便利地區民眾醫療照護，增進衛生醫療事業發展，提升醫療服務品質，特設醫療藥品基金(以下簡稱本基金)，並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算；下設各醫療機構基金，編製附屬單位預算之分預算。
本基金以行政院衛生署（以下簡稱本署）為管理機關；隸屬本基金之各醫療機構作業基金以各該醫療機構為管理機關。
本基金之來源如下：一、由政府循預算程序之撥款。
二、醫療業務收入。
三、本基金之孳息收入。
四、捐贈收入。
五、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、醫療成本支出。
二、研究發展支出。
三、管理及總務支出。
四、其他有關支出。
本基金管理機關之任務如下：一、本基金收支、保管及運用之審議。
二、本基金運用執行情形之考核。
三、本基金年度預算、決算之審議。
四、本基金下設各基金間財務調度之核定或核轉。
五、本基金下設各基金報本署重要財務事項之核定或核轉。
六、其他有關事項。
本基金有關預算編製及執行、決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。