為落實全民健康保險制度，加強國民衛生保健、照顧弱勢族群之醫療照護，提供國民健康照護保障，增進社會福利，健全社會安全制度，特設置衛生福利特別收入基金（以下簡稱本基金），並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，下設醫療發展基金、全民健康保險紓困基金、藥害救濟基金、菸害防制及衛生保健基金、預防接種受害救濟基金、疫苗基金、食品安全保護基金、社會福利基金、家庭暴力及性侵害防治基金、長照服務發展基金、生產事故救濟基金十一個基金，編製附屬單位預算之分預算。
本基金及下設各基金之管理機關如下：一、本基金、醫療發展基金、家庭暴力及性侵害防治基金、長照服務發展基金、生產事故救濟基金：衛生福利部。
二、全民健康保險紓困基金：衛生福利部中央健康保險署。
三、藥害救濟基金、食品安全保護基金：衛生福利部食品藥物管理署。
四、菸害防制及衛生保健基金：衛生福利部國民健康署。
五、預防接種受害救濟基金、疫苗基金：衛生福利部疾病管制署。
六、社會福利基金：衛生福利部社會及家庭署。
本基金之來源如下：一、政府循預算程序之撥款。
二、醫療發展基金收入。
三、全民健康保險紓困基金收入。
四、藥害救濟基金收入。
五、菸害防制及衛生保健基金收入。
六、預防接種受害救濟基金收入。
七、疫苗基金收入。
八、食品安全保護基金收入。
九、社會福利基金收入。
十、家庭暴力及性侵害防治基金收入。
十一、長照服務發展基金收入。
十二、生產事故救濟基金收入。
十三、其他有關收入。
前項第三款所定全民健康保險紓困基金之來源如下：一、政府循預算程序之撥款。
二、受贈收入。
三、全民健康保險紓困基金之孳息收入。
四、公益彩券回饋金收入。
五、菸品健康福利捐分配之收入。
六、其他有關收入。
第一項第四款所定藥害救濟基金之來源如下：一、藥物製造業者及輸入業者繳納之徵收金。
二、滯納金。
三、代位求償之所得。
四、受贈收入。
五、藥害救濟基金之孳息收入。
六、其他有關收入。
第一項第六款所定預防接種受害救濟基金之來源如下：一、疫苗製造或輸入廠商依傳染病防治法規定繳納之徵收金收入。
二、受贈收入。
三、預防接種受害救濟基金之孳息收入。
四、其他有關收入。
第一項第七款所定疫苗基金之來源如下：一、政府循預算程序之撥款。
二、公益彩券盈餘、菸品健康福利捐分配之收入。
三、受贈收入。
四、疫苗基金之孳息收入。
五、其他有關收入。
第一項第八款所定食品安全保護基金之來源如下：一、政府循預算程序之撥款。
二、違反食品安全衛生管理法罰鍰之部分提撥。
三、依食品安全衛生管理法科處並繳納之罰金、沒收、追徵或抵償之現金或變賣所得。
四、依食品安全衛生管理法或行政罰法規定沒入、追繳、追徵或抵償之不當利得部分提撥。
五、食品安全保護基金之孳息收入。
六、受贈收入。
七、其他有關收入。
第一項第九款所定社會福利基金之來源如下：一、政府循預算程序之撥款。
二、菸品健康福利捐分配之收入。
三、社會福利基金之孳息收入。
四、公益彩券回饋金收入。
五、受贈收入。
六、其他有關收入。
第一項第十一款所定長照服務發展基金之來源如下：一、遺產稅及贈與稅稅率由百分之十調增至百分之二十以內所增加之稅課收入。
二、菸酒稅菸品應徵稅額由每千支（每公斤）徵收新臺幣五百九十元調增至新臺幣一千五百九十元所增加之稅課收入。
三、政府循預算程序之撥款。
四、菸品健康福利捐分配之收入。
五、受贈收入。
六、長照服務發展基金之孳息收入。
七、其他有關收入。
第一項第十二款所定生產事故救濟基金之來源如下：一、政府循預算程序之撥款。
二、菸品健康福利捐分配之收入。
三、受贈收入。
四、生產事故救濟基金之孳息收入。
五、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、醫療發展基金支出。
二、全民健康保險紓困基金支出。
三、藥害救濟基金支出。
四、菸害防制及衛生保健基金支出。
五、預防接種受害救濟基金支出。
六、疫苗基金支出。
七、食品安全保護基金支出。
八、社會福利基金支出。
九、家庭暴力及性侵害防治基金支出。
十、長照服務發展基金支出。
十一、生產事故救濟基金支出。
十二、管理及總務支出。
十三、其他有關支出。
前項第二款所定全民健康保險紓困基金之用途如下：一、提供經濟困難無力繳納保險費之保險對象無息申貸下列費用：（一）依全民健康保險法第二十七條規定之自付保險費。
（二）依全民健康保險法第四十三條及第四十七條規定應自行負擔之費用。
二、協助弱勢族群排除就醫障礙支出。
三、補助經濟困難者參加全民健康保險應自付之保險費。
四、管理及總務支出。
五、其他有關支出。
前條第二項第四款之收入，應專供前項第二款用途之用；前條第二項第五款之收入，應專供前項第三款用途之用。
第一項第三款所定藥害救濟基金之用途如下：一、藥害救濟金之給付。
二、委託或補助其他機關（構）或團體辦理藥害救濟有關事項之支出。
三、委託或補助藥害及藥物副作用防制事項之支出。
四、減少藥害及藥物副作用之獎勵、研究及策略研訂事項之支出。
五、涉及藥害及藥物副作用之國際合作相關事項之支出。
六、執行藥害救濟調查及審議相關費用事項之支出。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。
第一項第五款所定預防接種受害救濟基金之用途如下：一、預防接種受害救濟之給付。
二、辦理預防接種副作用之防治及通報支出。
三、辦理減少預防接種副作用之獎勵、研究及策略研訂支出。
四、辦理預防接種受害救濟及預防接種副作用之國際合作支出。
五、辦理預防接種受害救濟之受理、調查及審議支出。
六、委託或補助辦理預防接種受害救濟相關支出。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。
第一項第六款所定疫苗基金之用途如下：一、疫苗採購支出。
二、辦理預防接種各項業務與相關設備購置、維護及管理等支出。
三、辦理預防接種相關之研究調查、訓練及國際合作等支出。
四、委託、補助及獎勵辦理預防接種等支出。
五、管理及總務支出。
六、其他有關支出。
第一項第七款所定食品安全保護基金之用途如下：一、補助消費者保護團體因食品衛生安全事件依消費者保護法之規定，提起消費訴訟之律師報酬及訴訟相關費用。
二、補助經公告之特定食品衛生安全事件，有關人體健康風險評估費用。
三、補助勞工因檢舉雇主違反食品安全衛生管理法之行為，遭雇主解僱、調職或其他不利處分所提之回復原狀、給付工資及損害賠償訴訟之律師報酬及訴訟相關費用。
四、補助依食品安全衛生管理法第四十三條第二項所定辦法之獎金。
五、補助促進食品安全之相關費用。
六、管理及總務支出。
七、其他有關支出。
第一項第八款所定社會福利基金之用途如下：一、社會救助事項支出。
二、兒童、少年、婦女、老人、身心障礙者福利及家庭支持事項支出。
三、管理及總務支出。
四、其他有關支出。
第一項第十款所定長照服務發展基金之用途如下：一、推動長照政策相關事項之支出。
二、長照發展及品質促進之相關費用。
三、提供長照服務之費用。
四、發展長照服務量能或新增型態之費用。
五、促進長照人力資源及其他長照資源發展之獎助。
六、長照相關研究及創新服務之獎助。
七、管理及總務支出。
八、其他有關支出。
第一項第十一款所定生產事故救濟基金之用途如下：一、生產事故救濟給付。
二、辦理生產事故救濟之受理及審議相關支出。
三、委託、捐（補）助及獎助（勵）辦理生產事故救濟行政業務相關支出。
四、管理及總務支出。
五、其他有關支出。
本基金管理機關之任務如下：一、本基金收支、保管及運用之審議。
二、本基金年度預算及決算之審議。
三、本基金運用執行情形之考核。
四、本基金下設各基金重大業務案件之核定或核轉。
五、本基金下設各基金間財務調度之核定或核轉。
六、本基金下設各基金年度預算及決算之核轉。
七、本基金下設各基金之監督及考核。
八、其他有關事項。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券及其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本辦法自中華民國一百零六年一月一日施行。
但有關長照服務發展基金之規定，自長期照顧服務法施行之日施行。