本辦法依食品安全衛生管理法（以下簡稱本法）第四條第四項規定訂定之。
基因改造食品諮議會（以下簡稱本會）之任務，為就下列基因改造食品管理與監督相關事項之諮詢或建議：一、基因改造食品政策及策略之訂定。
二、基因改造食品計畫之研定。
三、其他有關基因改造食品事項之推動。
本會置委員十三人至十七人，由衛生福利部（以下簡稱本部）部長就食品衛生、營養、分子生物、醫學、毒理、農業、法律等相關學術領域之學者專家聘兼之。
前項委員，其中任一性別不得少於委員總數三分之一。
本部部長就第一項委員中聘請一人為召集人，另一人為副召集人。
委員任期二年，期滿得續聘之。
委員因故無法完成任期者，得另遴聘兼之，其繼任者任期至原委員任期屆滿之日止。
本會置執行秘書一人，工作人員若干人，辦理本會業務，由本部部長就衛生福利部食品藥物管理署（以下簡稱食藥署）相關業務人員派兼之。
本會會議以每年召開二次為原則，必要時得召開臨時會議，應有全體委員過半數出席，始得開會。
本會會議由召集人擔任主席；召集人不克出席時，由副召集人代理之；召集人及副召集人均未能出席時，由召集人指定委員一人為主席；不克指定時，由出席委員互相推舉之。
本會開會時，得視需要，邀請相關專家學者、機關代表及食藥署相關單位人員列席。
本會委員及會議列席人員對會議資料、委員意見或會議結論應予保密，不得洩漏。
前項會議結論經依行政程序核定後，得由食藥署公開之。
本辦法自發布日施行。
本辦法中華民國一百零九年六月二日修正發布之第三條，自一百十年一月一日施行。