本辦法依食品安全衛生管理法（以下簡稱本法）第八條第六項及規費法第十條第一項規定訂定之。
中央主管機關辦理驗證機構之認證，其收費基準如下：一、認證申請：新臺幣六萬元。
二、認證證書：首次發證、變更與展延換證、遺失及污損補發，每件新臺幣六千元。
三、認證年費：（一）基本年費：每年新臺幣十萬元。
（二）增收年費：依該年度各該驗證機構核發之驗證證明書數，每張新臺幣六百元。
驗證機構辦理食品業者驗證，其收費基準如下：一、驗證申請：每件新臺幣二萬四千元。
二、實地評鑑：如附表一。
三、定期追蹤查驗：如附表二。
四、驗證證明書：（一）發證、換發：每件新臺幣三千元。
（二）加發證明書、英文證明書：每件新臺幣二千元。
五、驗證範圍增加食品安全管制系統準則業別：如附表三。