本辦法依傳染病防治法（以下簡稱本法）第七十三條規定訂定之。
本辦法獎勵之對象，為執行本法防治工作著有績效之人員、醫事機構及其他相關團體。
本辦法獎勵之事項如下：一、主動通報發現傳染病（源），並經主管機關證實者。
二、發生重大疫情時，積極參與救治病患、協助防治或防止疫病傳播有功者。
三、對防疫業務之研究、策劃、推行或提供興革意見，具有重大貢獻者。
四、對突發性傳染病、生物病原攻擊事件，能積極執行應變作為，具有重大功績者。
五、協助各級主管機關辦理傳染病防治工作，顯有績效者。
六、其他辦理防疫工作具有重大功績者。
前條第二款至第六款之獎勵方式如下：一、發給防治獎金。
二、公開表揚並頒發獎狀、獎章或獎牌。
三、其他獎勵方式。
具有公務人員身分者，依相關法令予以獎勵。
醫事人員發現傳染病（源），主動通報（知）並經主管機關證實者，發給通報獎金，其基準如下：一、第一類、第五類傳染病或生物病原攻擊事件病例：每例新臺幣一萬元。
二、登革熱、屈公病、西尼羅熱、茲卡病毒感染症全縣（市）地區當年度流行季本土病例之首例：新臺幣四千元。
三、登革熱、屈公病、茲卡病毒感染症境外移入病例：每例新臺幣二千五百元。
四、下列傳染病之本土或境外移入病例：（一）腸道出血性大腸桿菌感染症、霍亂、麻疹、德國麻疹、先天性德國麻疹症候群或新生兒破傷風病例：每例新臺幣三千元。
（二）急性無力肢體麻痺病例：每例新臺幣一千元；經證實為小兒麻痺症者，加發新臺幣四千元。
前項第一款病例之檢驗人員，發給新臺幣一千元。
符合下列情形之一，每例得發給通報獎金新臺幣二千五百元：一、主動至主管機關接受經中央主管機關指定之傳染病檢體篩檢，並經主管機關證實為病例之民眾。
二、醫事人員以外之其他人員發現經中央主管機關指定之傳染病病例，主動通報並經主管機關證實者。
通報病例之人得領不同額度之通報獎金時，以最高額發給之。
二人以上通報同一病例，以先通報者為發給對象；同時通報者，依其得領獎金平均發給之。
個人符合第三條第二款至第六款規定者，得發給防治獎金，最高以新臺幣五萬元為限。
前項之獎勵對象，每年以十五名為限，並僅得擇一發給。
醫事機構或相關團體符合第三條第二款至第六款規定者，得發給防治獎金，最高以新臺幣十萬元為限。
前項之獎勵對象，每年以十五名為限，並僅得擇一發給。
本辦法之獎勵，由中央主管機關為之，地方主管機關得比照辦理。
本辦法除中華民國一百零八年六月四日修正發布條文自一百零八年四月一日施行外，自發布日施行。