本辦法依廢棄物清理法(以下簡稱本法)第二十八條第四項規定訂定之。
本辦法所稱醫療廢棄物清除處理設施，指取得衛生主管機關發給輔導設置文件，接受衛生主管機關輔導設置以接受醫療機構委託清除、處理醫療廢棄物之機構。
本辦法所稱衛生主管機關：在中央為行政院衛生署；在直轄市為直轄市政府；在縣(市)為縣(市)政府。
直轄市或縣(市)衛生主管機關輔導設置醫療廢棄物清除處理設施，應依下列程序辦理：一、評估醫療廢棄物處理需求，指定或遴選具意願、專業能力及相關經驗，且廠(場)址區位條件合適之機構投資設置。
二、就同意輔導之醫療廢棄物清除處理設施，發給其醫療廢棄物清除處理設施輔導設置文件。
醫療廢棄物清除處理設施應置專業技術人員，其設置條件如下：一、從事一般醫療廢棄物清除、處理業務者，應置乙級廢棄物處理技術員一人以上。
二、從事一般及有害醫療廢棄物清除、處理業務者，應置甲級廢棄物處理技術員一人以上。
前項規定之專業技術人員應取得行政院環境保護署核發之合格證書。
直轄市或縣(市)衛生主管機關核發之輔導設置文件應登記事項如下：一、醫療廢棄物清除處理設施名稱、組織及地址。
二、醫療廢棄物清除處理設施負責人姓名及國民身分證統一編號。
三、處理技術人員姓名。
四、清除、處理廢棄物之種類、數量及處理方法。
五、醫療廢棄物清除、處理設施設置地點。
六、其他經衛生主管機關指定之事項。
醫療廢棄物清除處理設施如委託代操作、營運者，其輔導設置文件登記事項除前項規定外，應包含下列事項：一、委託代操作機構名稱及地址。
二、委託代操作機構負責人姓名及國民身分證統一編號。
醫療廢棄物清除處理設施之輔導設置文件登記事項變更時，應依下列規定辦理：一、前條第一項第一款至第二款及第二項之登記事項變更時，應於變更後三十日內，檢附有關證明文件，向直轄市或縣(市)衛生主管機關辦理變更。
二、廢棄物處理技術人員未能執行業務或離職時，該機構應指定代理人，並於九十日內另聘符合資格者繼任，其技術人員離職時，其代理人接任或新任技術人員接任之日起十五日內應報請直轄市或縣(市)衛生主管機關備查。
三、除前兩款規定外之登記事項變更時，應於變更前檢附有關證明文件，向直轄市或縣(市)衛生主管機關申請，經核准後始得變更。
醫療廢棄物清除處理設施應依輔導設置文件之內容設置，並於設置完成後依本辦法規定營運之。
醫療廢棄物清除處理設施於營運前，應取得該設施之所有權及用地使用權，並檢具下列營運相關文件送直轄市或縣(市)衛生主管機關及設施所在地之主管機關備查：一、醫療廢棄物清除處理設施負責人姓名及國民身分證統一編號。
二、處理技術員合格證書、勞保卡及任職證明文件。
三、廢棄物清除、處理設備及工具清冊。
四、清除、處理設施用地相關證明文件(如土地登記簿謄本、地籍圖謄本、土地使用清冊、土地使用同意書等)。
五、有關設施之建築使用執照或許可。
六、處理設施試運轉報告。
七、醫療廢棄物清除處理設施產生之廢棄物處理或最終處置方式說明。
八、其他經衛生主管機關指定之事項。
醫療廢棄物清除處理設施如委託代操作及營運者，除依前項規定辦理外，並應檢附下列文件：一、委託代操作機構名稱。
二、委託代操作機構負責人姓名及國民身分證統一編號。
醫療廢棄物清除處理設施接受委託清除、處理醫療廢棄物，應與委託人訂定契約書，並於訂定契約書之次日起三十日內，將契約書影本報送醫療廢棄物清除處理設施及委託人所在地之直轄市或縣(市)衛生主管機關。
變更契約書內容或終止契約時，亦同。
但受託清除因天然災害或緊急事故產生之廢棄物者，不在此限。
前項契約書應記載下列事項：一、醫療廢棄物之種類、性質及數量。
二、收集頻率、收集點及分類標準等執行清除或處理之最低標準。
三、醫療廢棄物清除處理設施因自行停業或宣告破產時，對其尚未清除或處理完竣之廢棄物處置計畫。
四、對突發事件之應變措施。
五、其他經衛生主管機關指定之事項。
醫療廢棄物清除處理設施應於每年一月及七月十五日前，向直轄市或縣(市)衛生主管機關申報前半年之營運及操作紀錄，其申報格式及保存方式，準用公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法之規定。
但經中央主管機關公告指定應以網路傳輸方式或書面申報營運紀錄者，應另依其規定申報。
醫療廢棄物清除處理設施完工開始營運之實際營運月數不足半年時，前項營運及操作紀錄以實際營運月數申報之。
衛生主管機關得不定期派員查核第一項之營運、操作及申報紀錄等相關資料，醫療廢棄物清除處理設施不得拒絕、規避或妨礙。
醫療廢棄物清除處理設施應於醫療廢棄物清除處理設備、機具、設施或清除、處理場(廠)明顯處標示醫療廢棄物清除處理設施名稱、聯絡電話及輔導設置文件字號。
醫療廢棄物清除處理設施暫停營運超過三個月以上者，應於屆滿三個月後十五日內報請直轄市或縣(市)衛生主管機關備查，並繳回輔導設置文件；如於輔導設置文件繳回後一年內復業者，應向直轄市或縣(市)衛生主管機關申請發還之，始得繼續營運。
醫療廢棄物清除處理設施終止營運者，應自終止營運之日起一個月內報請直轄市或縣(市)衛生主管機關備查並繳回輔導設置文件。
醫療廢棄物清除處理設施有下列情形之一，經直轄市或縣(市)衛生主管機關通知限期完成改善，屆期未改善或未完成者，直轄市或縣(市)衛生主管機關得終止輔導：一、喪失從事業務能力或一年內無從事醫療廢棄物清除、處理業務者。
二、違反本法或本辦法規定，經主管機關裁罰確定後，並經衛生主管機關認定情節重大者。
醫療廢棄物清除處理設施經通知終止輔導者，自書面通知送達之日起，喪失受直轄市或縣(市)衛生主管機關輔導之資格，不得再依本辦法接受委託清除、處理醫療廢棄物。
醫療廢棄物清除處理設施終止營運或經直轄市或縣(市)衛生主管機關終止輔導時，其未完成之清除、處理業務，應於限期內委託合法之清除、處理機構(設施)代為清理，並將執行完成之報告書送直轄市或縣(市)衛生主管機關備查。
直轄市或縣(市)衛生主管機關於發給輔導設置文件、同意變更輔導設置文件、醫療廢棄物清除處理設施暫停營運、終止營運或終止輔導時，應副知中央衛生主管機關、中央主管機關及設施所在地之主管機關。
本辦法施行前，經衛生主管機關輔導設置之醫療廢棄物清除處理設施，應於本辦法施行日起三年內，向直轄市或縣(市)衛生主管機關申請補正，並依本辦法規定辦理設置、操作及營運。