本辦法依身心障礙者權益保障法第二十四條第二項規定訂定之。
地方衛生主管機關指定設立身心障礙者特別門診（以下稱特別門診）之醫院（以下稱指定醫院），應設有一般病床三百床以上，且經醫院評鑑通過。
但其轄內無符合該條件之醫院時，得專案指定之。
指定醫院，應設身心障礙服務窗口，並置適當之人員，提供引導、溝通、協助就醫等服務。
指定醫院應至少設置獨立之牙科及發展遲緩診療特別門診。
指定醫院應考量前項特別門診跨醫療科別會診之必要，訂定便利之會診流程。
特別門診應提供臨櫃、語音及網路掛號服務。
特別門診應有適合輪椅乘座者使用之櫃台，及方便輪椅、推床進出之適當空間。
前項櫃台及進出動線應有明顯之引導標示。
指定醫院對特別門診病患，應提供必要之溝通輔助。
地方衛生主管機關得併同年度督導考核或不定期對指定醫院之特別門診實施品質查核；指定醫院不得規避、妨礙或拒絕。
特別門診之獎勵，得由各級主管機關依下列方式辦理：一、特殊設施、設備及人事費用之補助。
二、績優服務機構、人員之表揚。
地方衛生主管機關辦理前二條之考核、查核及獎勵，應會同所在地社政主管機關為之，並得邀請相關團體、專家協助。