本辦法依財團法人法（以下簡稱本法）第五十條第二項及第六十一條第二項規定訂定之。
本辦法所稱衛生福利部（以下簡稱本部）主管政府捐助之財團法人（以下簡稱公設衛福財團法人），指符合本法第二條第二項、第三項，從事衛生、醫療、社會福利或長期照顧服務相關業務，經本部（含行政院衛生署）或內政部許可設立登記之財團法人。
本部依本法第四十八條第二項或第四十九條第二項規定，訂定由本部遴聘之董事或監察人所占董事或監察人總額之比率或名額後，公設衛福財團法人應明定於捐助章程。
公設衛福財團法人之基金，全部或一部由依法律設立之公法人捐助或捐贈者，本部依前項規定遴聘董事或監察人時，依本法第五十條第二項規定，應按該公設衛福財團法人之性質，或該公法人捐助或捐贈基金之比例，訂定該公法人推薦擔任董事或監察人之名額。
前項推薦擔任之董事、監察人，應由公法人於董事、監察人任期屆滿，依本法第八條於捐助章程所定改選期限一個月前，推薦名額二倍之適當人選報本部。
公設衛福財團法人董事、監察人執行職務，應依本法第十五條至第十七條及第五十四條規定為之。
公設衛福財團法人之財產管理及運用方法，應依本法第十九條至第二十三條規定辦理。
公設衛福財團法人之投資項目，應符合本法第十九條第三項第二款至第六款規定。
前項投資，公設衛福財團法人應擬具投資計畫，經董事會通過，報本部核准後，始得執行。
前項投資計畫，應包括投資金額、投資標的或對象、投資資金運用方法與內容、投資報酬、效益與風險分析、至少三年預估收支報表及其他有助於說明投資之資料。
公設衛福財團法人應於每年三月三十一日前，提出該年度績效目標，經董事會通過後，陳報本部；於年度工作終了後，自行辦理該年度之績效評估，製作評估報告，經董事會通過後，於次年度四月十五日前陳報本部備查。
前項績效目標及評估報告格式，由本部定之。
公設衛福財團法人應依本法第五十五條、預算法第四十一條第四項及決算法第二十二條第二項規定，每年編製年度預算書及決算書，報本部依行政程序核轉立法院。
前項年度預算書於編製時，應依法人設立目的及捐助章程規定，訂定工作計畫，並按輕重緩急、成本效益及其他相關事項，排列優先順序，妥善規劃整體財務資源。
第一項決算書於編製時，應敘明預算所列工作計畫執行情形，並分析達成該法人設立目的及捐助章程之成效；其有以政府委辦或補助經費辦理者，應敘明完成工作計畫之績效。
前三項工作計畫、預算、工作成果及決算，應依本部所定時程報本部。
公設衛福財團法人依本法第五十三條第一項規定，訂定董事、監察人兼職費支給基準時，應參照行政院所定軍公教人員兼職費支給相關規定、實際運作情形及本法第五十三條第二項因素為之，經董事會通過後，報本部核准。
公設衛福財團法人依本法第五十三條第一項規定，訂定董事長及其他從業人員之薪資支給基準時，除董事長、執行長與該等職務之人，因遴選或遴聘不易或專長特殊者，或本辦法第十一條所定其他專業從業人員者外，應於中央部會特任首長待遇範圍內，及參照本法第五十三條第二項因素為之，經董事會通過後，報本部核定。
前項董事長、執行長與該等職務之人，因遴選或遴聘不易或專長特殊，每月薪資超過中央部會特任首長待遇範圍者，由本部就其他相同性質財團法人之董事長或執行長與該等職務之人所需資格條件、人力市場供需狀況及其他因素，邀集部外學者專家研商，訂定薪資基準。
本辦法施行前，經依行政院核定及本部核定或備查之薪資基準，支給薪資之董事長或執行長與該等職務之人，且其薪資超過中央部會特任首長待遇範圍者，得繼續依原薪資基準支給至任期屆滿或離職為止，不受前二項規定之限制。
公設衛福財團法人依本法第五十三條訂定其專任顧問或研究、技術及其他專業從業人員之薪資支給基準時，除因高科技、稀少性或其他特殊研究領域，經本部認定為難以羅致之人才外，應衡酌專業性、產業別、責任輕重、聘任困難程度及其他因素，於中央部會比照簡任第十四職等政務副首長待遇範圍內為之，報本部核定。
前項屬高科技、稀少性或其他特殊研究領域，經本部認定為難以聘任之人才，每月薪資超過中央部會比照簡任第十四職等政務副首長待遇範圍者，其薪資基準依下列規定處理：一、於中央部會特任首長待遇範圍內：由本部依前項所定衡酌因素，予以核定。
二、超過中央部會特任首長待遇範圍：由本部參考相關市場薪資調查水準，邀集部外學者專家研商。
前項人員，應由公設衛福財團法人每年實施績效考核，並將考核結果報本部備查；考核結果未達工作目標者，應自下年度起檢討修正酌減其薪資基準。
第二項及前條第二項人員薪資基準，參照軍公教員工待遇調增範圍或幅度內調整者，得免經部外學者專家研商訂定。
本辦法施行前已在職之從業人員，得繼續適用原薪資支給基準至退、離原公設衛福財團法人止。
公設衛福財團法人之董事長、或執行長與該等職務之人及其他從業人員之獎金及其他給與，應於本部及所屬機關（構）員工支給項目及基準範圍內，於公設衛福財團法人之管理規範，訂定支給項目、對象、基準、個人給與之上限及其他條件，經董事會通過後，報本部核定。
前項法人依其業務特性，由本部設定具體財務績效指標予以評核者，得依其績效表現，每人每年最高提撥四點四個月薪給為總獎金提撥上限；未達績效目標者，按達成比率，計算提撥上限。
前項具體財務績效指標，不包括基於法律規定或政策原因而取得之收入。
公設衛福財團法人之董事、監察人不得支領退休金或離職金。