衛生福利部國家中醫藥研究所（以下簡稱本所）為處理內部單位之分工職掌，訂定本規程。
所長綜理所務，並指揮、監督所屬人員；副所長襄助所長處理所務。
主任秘書權責如下：一、文稿之綜核及代判。
二、機密及重要文件之處理。
三、各單位之協調及權責問題之核議。
四、重要會議之籌辦。
五、其他交辦事項。
本所設下列組、室：一、中醫藥基礎研究組。
二、中醫藥臨床研究組。
三、中藥化學研究組。
四、中藥材發展組。
五、中醫藥典籍組。
六、秘書室。
中醫藥基礎研究組掌理事項如下：一、中醫理論、診斷及療法之研究。
二、中藥藥理之研究。
三、中藥安全性及與西藥交互作用之研究。
四、其他有關中醫藥基礎研究事項。
中醫藥臨床研究組掌理事項如下：一、中醫藥實證醫學研究。
二、中醫藥療效評估。
三、中醫藥專業人員之訓練、進修。
四、其他有關中醫藥臨床研究事項。
中藥化學研究組掌理事項如下：一、中藥活性成分之化學研究。
二、中藥活性成分與衍生物之設計及合成研究。
三、中藥品質管制之標準化研究。
四、中藥化學成分資料庫之建置。
五、其他有關中藥化學研究事項。
中藥材發展組掌理事項如下：一、中藥材基源鑑定、種源保存及培育之研究。
二、中藥材標本製作、展示及應用。
三、中藥方劑及製劑改良之研究。
四、其他有關中藥材發展事項。
中醫藥典籍組掌理事項如下：一、中醫藥歷史與典籍之研究、整理、編纂及編印。
二、中醫藥研究資源之建置推廣。
三、中醫藥期刊之編輯發行。
四、中醫藥研究之國際合作。
五、其他有關中醫藥典籍事項。
秘書室掌理事項如下：一、文書、檔案、印信、出納、庶務及財產管理。
二、不屬其他組、室事項。
本所處理業務，實施分層負責制度，以分層負責明細表逐級授權決定。