衛生福利部為辦理傳染病之預防及管制業務，特設疾病管制署（以下簡稱本署）。
本署掌理下列事項：一、傳染病預防與管制（以下稱防疫）政策之規劃、執行及相關法規之研擬。
二、各種傳染病（以下稱疫病）之預防、控制、調查、研究及檢驗。
三、國內疫病之通報、疫情監視與國際疫情之蒐集及交換。
四、疫病爆發之因應整備及緊急應變處理。
五、防疫藥物、公費疫苗、生物製劑之供應及法定傳染病之預防接種。
六、國際港埠之疫病檢查（以下稱檢疫）與衛生管理及外籍勞工之衛生管理。
七、疫病檢驗方法之訂定及檢驗認證、生物安全管理。
八、防疫及檢疫專業人員之培訓。
九、防疫與檢疫業務之國際合作及交流。
十、其他有關疫病管制事項。
本署置署長一人，職務列簡任第十三職等；副署長二人，職務列簡任第十二職等。
前項人員中二人，得依醫事人員人事條例規定，由師（一）級之相關醫事人員擔任。
本署之研究員及副研究員，得比照教育人員任用條例相關規定聘任之；其退休、撫卹比照教師相關規定辦理，並報衛生福利部核定。
本署各組組長或副組長其中一人、各中心主任或副主任其中一人及簡任技正員額總數五分之一，必要時得依醫事人員人事條例規定，由師（一）級之相關醫事人員擔任。
本署得置醫事人員，其任用依醫事人員人事條例之規定。
本署各職稱之官等職等或級別及員額，另以編制表定之。
本法施行前，依原行政院衛生署疾病管制局組織條例第十三條規定聘任之研究人員，依原組織條例之規定聘任。