衛生福利部為辦理食品、藥物與化粧品之管理、查核及檢驗業務，特設食品藥物管理署（以下簡稱本署）。
本署掌理下列事項：一、食品、藥物、化粧品（以下簡稱食品藥物化粧品）管理政策之規劃與執行及相關法規之研擬。
二、食品藥物化粧品之查驗登記、審核、給證、備查與藥物人體試驗之審查及監督。
三、食品藥物化粧品業者之生產流程管理、輸入查（檢）驗、流通、稽查、查核及輔導。
四、食品藥物化粧品之檢驗、研究、實驗室認證、風險評估與風險管理及中藥、植物性藥材之檢驗。
五、食品藥物化粧品之安全監視、危害事件調查及處理。
六、管制藥品之稽核、通報、預警、教育宣導與第一級、第二級管制藥品之輸入、輸出、製造及販賣。
七、食品藥物化粧品消費者保護措施之推動。
八、食品藥物化粧品事務之國際合作及境外管理作業。
九、其他有關食品藥物化粧品之管理事項。
本署置署長一人，職務列簡任第十三職等；副署長二人，職務列簡任第十二職等。
前項人員中二人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由師（一）級之相關醫事人員擔任。
本署之研究員及副研究員，必要時得比照教育人員任用條例相關規定聘任之；其退休、撫卹比照教師相關規定辦理，並報衛生福利部核定。
本署各組組長或副組長其中一人及簡任技正員額總數五分之一，必要時得依醫事人員人事條例規定，由師（一）級之相關醫事人員擔任。
本署各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。