本規則依動物傳染病防治條例（以下簡稱本條例）第二十八條第二項規定訂定之。
偶蹄類動物進出澎湖地區，應經檢查且符合本規則規定，始得進出。
前項檢查，應於中央主管機關在港、站內指定之場所為之。
偶蹄類動物運入澎湖地區供飼養者，其所有人或管理人應於運入前填具申請書，檢具免疫證明文件、來源場之動物來源證明文件及所在地動物防疫機關出具之動物健康證明文件，向行政院農業委員會動植物防疫檢疫局臺中分局澎湖檢疫站（以下簡稱澎湖檢疫站）申請檢查。
豬隻由指定肉品市場運入澎湖地區供屠宰者，其所有人或管理人應於起運前填具申報書，並檢附拍賣證明文件，傳真供澎湖檢疫站申報書面檢查。
豬隻以外之偶蹄類動物由指定肉品市場運入澎湖地區供屠宰者，其所有人或管理人應於起運前填具申請書，傳真澎湖檢疫站申請檢查；並於運抵後，檢具拍賣證明文件申請檢查。
運入澎湖地區之偶蹄類動物，應經來源場所在地動物防疫機關動物防疫人員檢查為健康情形良好，來源場應落實生物安全及運輸車輛消毒工作，並符合下列檢查條件：一、豬隻：來源場於過去三個月內無發生甲類動物傳染病，並於豬隻運入澎湖地區前一個月內，應經血清抗體檢驗呈口蹄疫非結構蛋白抗體陰性反應。
但由指定肉品市場運入，且運抵澎湖地區後逕送屠宰場於二十四小時內屠宰完畢者，不在此限。
二、豬隻以外之偶蹄類動物：來源場於過去三個月內無發生甲類動物傳染病，並於偶蹄類動物運入澎湖地區前，應經血清抗體檢驗呈口蹄疫非結構蛋白抗體陰性反應。
運入澎湖地區偶蹄類動物除供屠宰之豬隻外，應在澎湖縣動物防疫機關指定之隔離設施，依下列規定進行隔離檢查：一、豬隻：應隔離檢查十四日。
但健康情形良好者，得縮短期間為七日。
豬隻未完成豬瘟疫苗基礎免疫者，應再補強一劑疫苗。
隔離期間罹患、疑患或可能感染甲類動物傳染病者，逕予撲殺；罹患乙類動物傳染病者，得延長隔離期間至無嫌疑，必要時得逕予撲殺。
二、豬隻以外之偶蹄類動物：應隔離檢查十四日。
隔離期間罹患、疑患或可能感染甲類動物傳染病者，逕予撲殺；罹患乙類動物傳染病者，得延長隔離期間至無嫌疑，必要時得逕予撲殺。
供屠宰之豬隻逕送澎湖縣肉品市場繫留觀察，不得移出，於屠宰衛生檢查獸醫師監督下屠宰。
運出澎湖地區之偶蹄類動物，應經動物防疫人員檢查為健康情形良好，來源場應落實生物安全及運輸車輛消毒工作，並符合下列條件：一、飼養條件：（一）豬隻：產自澎湖地區之來源場或經澎湖地區之來源場飼養三個月以上。
（二）豬隻以外之偶蹄類動物：產自澎湖地區之來源場或經澎湖地區之來源場飼養一年以上。
二、來源場於偶蹄類動物運出澎湖地區前三個月內無發生甲類動物傳染病。
三、來源場應依本條例第十三條之一規定使用疫苗。
豬隻以外之偶蹄類動物自臺灣本島運入澎湖地區一個月內，因水土不服等原因而退運者，不受前項第一款第二目飼養期間之限制。
運出澎湖地區之偶蹄類動物，其所有人或管理人應填具申請書，並檢附澎湖縣動物防疫機關出具符合前條規定之動物健康證明文件，向澎湖檢疫站申請檢查。
運輸進出澎湖地區偶蹄類動物之車、船，於裝卸動物前後應由動物所有人或管理人施行充分之清潔及消毒，並由港口之所在地動物防疫機關監督。
澎湖檢疫站應將偶蹄類動物進出澎湖地區之申請資料，通知港口所在地動物防疫機關，以進行前項運輸車、船消毒之監督工作。
動物所有人或管理人未依第一項規定辦理時，由所在地動物防疫機關代為履行，其所需費用，由動物所有人或管理人負擔。
運抵臺灣供屠宰之豬隻，應逕送屠宰場於四十八小時內屠宰完畢。
未於規定時限內完成屠宰者，由轄區動物檢疫機關監督於屠宰場內屠宰完畢，其所需費用，由動物所有人或管理人負擔。
進出澎湖地區之偶蹄類動物在運輸途中罹患或疑患動物傳染病，不得擅自起卸，並應於動物防疫人員或動物檢疫人員監督下為必要之處置。
進出澎湖地區之偶蹄類動物經檢查結果為罹患、疑患或可能感染動物傳染病者，禁止其進出，並得為必要之處置。
偶蹄類動物之所有人或管理人未依第四條或第八條規定填具申報書、申請書或檢附文件者，澎湖檢疫站得通知所有人或管理人限期補正；屆期未補正者，依情節輕重逕予退運或通知領回；未領回者，逕予撲殺後銷燬，其所需費用，均由所有人或管理人負擔。
經動物檢疫人員檢查判定為不合格之動物，得經所有人或管理人請求，發給不合格通知書。
主管機關依本規則所為消毒、銷燬、檢驗或其他必要之處置，得委辦或委託相關機關或法人辦理。