本辦法依遠洋漁業條例（以下簡稱本條例）第十二條第三項規定訂定之。
對外漁業合作方式，分為下列二類︰一、付費取得漁船在他國專屬經濟海域作業之權利。
二、漁船出租予他國人，在他國專屬經濟海域合作經營漁業。
漁業合作國有下列情形之一者，主管機關不予核准對外漁業合作：一、對在該國管轄海域內作業之他國漁船欠缺管控機制。
二、被他國、國際漁業組織或其他經濟整合組織列為打擊非法、未報告及不受規範漁撈作業不合作之國家。
三、被他國、國際漁業組織或其他經濟整合組織列為打擊非法、未報告及不受規範漁撈作業不合作警告名單之國家二年以上。
前項第一款欠缺管控機制之國家名單，由主管機關公告。
第一項第三款之國家與我國簽訂共同打擊非法、未報告及不受規範漁撈作業之合作協議或備忘錄，且與主管機關合作進行港口漁業檢查或港口漁業檢查資料交換者，主管機關得核准對外漁業合作。
漁業合作國有指定合作漁船之卸魚或轉載港口者，應符合下列條件之一：一、該國與我國就下列事項之一達成協議：（一）同意提供對我國漁船之檢查報告予我國。
（二）同意我國派員赴該國港口檢查我國漁船，或與該國共同檢查並交換相關資訊。
二、該國具公正第三方檢查機制。
前項第二款所稱公正第三方，指經主管機關認可之下列機構之一：一、日本地區：（一）日本新檢株式社。
（二）日本海事檢定協會。
二、日本以外之地區：取得財團法人全國認證基金會（TAF）品質管理系統認證之驗證機構。
基於漁業發展政策及國家利益之整體考量，主管機關得指定財團法人或漁業團體，代表業者與他國洽談漁業合作之船數、費用、作業天數、作業海域範圍或應遵守事項等權利義務事宜。
經營者申請對外漁業合作，應於漁船進入漁業合作國專屬經濟海域作業前，填具申請書，並檢具下列文件，向主管機關申請核准：一、有效之遠洋漁業作業許可證影本。
二、漁業合作國許可合作文件影本。
三、漁船遭難、被扣後，負責運送船員回國之切結書。
四、以第二條第二款所定方式合作者，並應另檢送漁業合作協議或契約文件影本。
五、由財團法人或漁業團體代表與漁業合作國洽談漁業合作者，並應另檢送財團法人或漁業團體與漁業合作國洽簽之漁業合作協議或契約文件影本。
前項申請書，應載明下列事項：一、漁業合作國家。
二、合作方式。
三、合作期間。
四、合作漁船之船名、統一編號、漁船類型、總噸位、漁業種類、漁獲物處理方式、卸魚港口。
第一項第二款漁業合作國許可合作文件及第四款、第五款漁業合作協議或契約文件，其非中文或英文本者，應併附經我國公證人認證之中文譯本一份。
前條申請對外漁業合作之經營者，有下列情形之一者，不予核准：一、申請漁業合作之漁業種類，非漁業證照所登載漁業種類。
二、犯本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所定之罪，經判處有期徒刑以上之刑確定，尚未執行、執行未畢、緩刑尚未期滿，或執行完畢、緩刑期滿或赦免後未滿二年。
三、犯本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所定之罪，經判處拘役或罰金確定，尚未執行、執行未完畢或執行完畢後未滿二年。
四、依本條例、漁業法或投資經營非我國籍漁船管理條例所處罰鍰尚未繳納完畢。
五、所申請之漁船，依本條例或漁業法收回漁業證照處分尚未執行完畢。
第六條申請案經主管機關審查核准者，合作許可期間最長為一年，且不得逾漁業證照有效期間。
對外漁業合作核准之漁業活動項目，以漁業合作國所許可之作業方式為限。
除漁業合作國已指定漁船應進入該國港口卸魚或轉載外，對外漁業合作漁船於國外港口卸魚或港內轉載，應以經主管機關指定之港口為限。
對外漁業合作漁船於合作期間所捕漁獲物，應依本條例及其相關法規規定，辦理漁獲證明文件之申請及核發。
但對外漁業合作漁船依第二條第二款所定方式所捕漁獲物，主管機關不予核發漁獲統計文件、捕撈合法證明書或輸歐盟漁獲證明書。
有下列情形之一者，主管機關應廢止漁業合作核准：一、漁業合作國書面通知中止漁業合作。
二、漁業合作國有第三條第一項各款規定情形，或不符合第四條第一項各款規定條件。
三、漁業合作國之許可失效。
四、漁業合作漁船從事非法、未報告或不受規範漁撈作業。
對外漁業合作期滿後需繼續合作者，應依第六條規定重新申請核准。
本辦法自中華民國一百零六年一月二十日施行。
本辦法修正條文自發布日施行。