本規程依臺灣省政府功能業務與組織調整暫行條例第五條第二項規定訂定之。
行政院農業委員會水產試驗所(以下簡稱本所)掌理下列事項：一、漁場之調查開發、漁具漁法之試驗研究、試驗船之運用維護及船員管理等事項。
二、海洋生物生態與資源之調查研究、漁海況之資料蒐集、分析及發布等事項。
三、漁類、蝦類、貝類、藻類等之種苗繁殖與養殖及魚類生理、生態、魚病之試驗研究等事項。
四、水產物之保藏、冷凍加工及原料化學之試驗研究等事項。
五、水產資訊管理、水產技術服務與訓練、水產有關資料之編纂與教材之製作及圖書管理等事項。
本所設秘書室，掌理研考、議事、公共關係、文書、檔案、印信、出納、事務管理、財產管理及其他不屬於各組、室事項。
本所置所長一人，承行政院農業委員會主任委員之命，綜理所務，並指揮監督所屬員工；副所長一人，襄助所務。
本所置主任秘書、組長、研究員、專門委員、副研究員、專員、助理研究員、組員、技佐、辦事員、書記。
本所設人事室，置主任、組員，依法辦理人事管理事項。
本所設會計室，置會計主任、組員，依法辦理歲計、會計及統計事項。
本所得設下列研究中心：一、淡水繁養殖研究中心。
二、海水繁養殖研究中心。
三、沿近海資源研究中心。
四、東港生技研究中心。
五、遠洋資源研究中心。
六、東部海洋生物研究中心。
七、澎湖海洋生物研究中心。
前項研究中心各置主任一人，其餘所需員額，由本所編制員額內派充之。
本所為執行研究任務，設試驗船舶，其工作人員之進用及管理規定，由本所報請行政院農業委員會核轉行政院核定之。
本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以暫行編制表定之。
本所分層負責明細表，由本所訂定，報行政院農業委員會備查。
本規程自發布日施行。
本規程中華民國九十二年七月三十一日修正發布之第六條至第九條，自中華民國九十一年五月二日施行。