本辦法依大眾捷運法(以下簡稱本法)第四十七條第二項規定訂定之。
大眾捷運系統營運機構(以下簡稱營運機構)依本法第四十七條第一項規定提存之保證金額度應先報請交通部核定，其額度變更時亦同。
本辦法所稱保證金係指下列任何一種：一現金。
二公債、庫券、公司債、股票。
三銀行本行支票或保證支票、定期存款單。
保證金以現金提供者，應繳存銀行、公庫代收或保管，並應由營運機構設立專戶處理；專戶之印鑑應由營運機構之負責人、會計主管及出納人員三人會簽或會章。
保證金以公債、庫券、公司債、股票、定期存款單、銀行本行支票或保證支票提供者，前項規定準用之。
以現金提供保證者，應由營運機構填具繳款單，向銀行、公庫繳納。
以公債、庫券、公司債、股票、定期存款單、銀行本行支票或保證支票提供擔保者，應填具保證品存入申請書向銀行、公庫繳存。
如一部份以現金，一部份以公債、庫券、公司債、股票、定期存款單、銀行本行支票或保證支票提供者，其處理程序依本辦法有關規定辦理。
營運機構對於所提存保證金之動支，限於下列情形：一每一保險事故中，營運機構對受害旅客依法應負賠償責任時，按保險契約約定須由營運機構先行負擔之自負額給付。
二每一保險事故中，超出保險契約給付範圍，依法應由營運機構負賠償責任時所為之賠償給付。
前項保證金動支後營運機構應於三個月內自行補足，逾期不補足時依本法第五十一條之規定處分之。
營運機構提存保證金所產生之孳息，得就保證金結算淨額超出核定應提存金額部份逕予提取。
地方主管機關對於提存保證金管理及運用，每年應定期查核兩次，並得視需要隨時進行查核。