本辦法依國際機場園區發展條例（以下簡稱本條例）第三十五條第二項規定訂定之。
本辦法用詞定義如下：一、貨物：指原料、物料、半製品、製成品或商品。
二、所得：指中華民國來源所得。
營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，自行或委託國際機場園區內之自由港區事業於自由港區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，於本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第三十五條第一項施行後，依該規定申請並經自由港區管理機關審查核准者，自一百零八年度起，其銷售貨物之所得，免徵營利事業所得稅。
前條所定營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，依下列規定審查之：一、依境外法律設立或登記之營利事業，視為在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動。
但經自由港區管理機關審查有下列情形之一者，不適用之：（一）實際管理處所在中華民國境內。
（二）在中華民國境內從事主要營業活動之全部。
（三）經由在中華民國境內固定營業場所從事營業活動之一部分，逾越準備或輔助性質活動範圍。
二、依中華民國法律設立或登記之營利事業，視為非在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動。
但經營利事業提示資料舉證，由自由港區管理機關審查實際管理處所在中華民國境外且無前款第二目及第三目規定情形者，不在此限。
前項第一款第三目規定準備或輔助性質之活動，應以營利事業在中華民國境內從事之營業活動（包括執行之功能、承擔之風險及使用之資產），就其境內、外整體營業活動而言非屬核心、必要及重要之活動判斷之。
自由港區管理機關為前二項規定之審查時，得洽詢產業中央目的事業主管機關或會商所在地稅捐稽徵機關。
經審查符合前條規定之營利事業自行或委託自由港區事業於自由港區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送活動，符合下列範圍者，其銷售貨物之所得，得適用第三條規定免徵營利事業所得稅：一、採購：（一）指將中華民國境內採購之貨物儲存於自由港區後，在境外執行銷售活動或在境內透過經紀人、一般佣金代理商或其他具有獨立身分之代理人銷售予境內、外客戶。
但銷售予境內客戶之貨物，以下列情形為限：1.境內採購源自其他營利事業輸入並儲存於自由港區且未改變性質之貨物。
但以該其他營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動為限。
2.境內採購其他營利事業境內產製之貨物，嗣銷售予自由港區事業且約定加工後買回並出口。
（二）前目規定之境內採購，指向境內、外貨主採購其在中華民國境內之貨物。
二、輸入：指將中華民國境外自行產製或採購之貨物輸入及儲存於自由港區後，在境外執行銷售活動或在境內透過經紀人、一般佣金代理商或其他具有獨立身分之代理人銷售予境內、外客戶。
三、儲存或運送：（一）指前二款規定之儲存於自由港區或銷售後運送予客戶，包括該儲存或運送過程中必要之保存、分類、分級、分裝、包裝、重貼標籤、切割等未改變貨物性質之作業。
（二）前目運送予客戶，如屬境外客戶，包括運送予該客戶在境內之儲存處所或供境內加工製造使用；如屬境內客戶，包括運送予該客戶在境外之儲存處所或供境外加工製造使用。
（三）貨物銷售之對象非屬自然人。
四、營利事業從事前三款活動，其個別及整體活動均應符合準備或輔助性質。
營利事業申請適用第三條規定免徵營利事業所得稅者，應於所得年度之次一會計年度第三個月終了日前，依規定格式填報並檢附下列文件，向自由港區管理機關申請核發符合營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動於自由港區從事貨物採購、輸入、儲存或運送證明函，核准免徵期間最長為五年：一、營利事業登記證明文件。
二、依中華民國境外法律設立或登記之營利事業，實際管理處所在中華民國境外之聲明書。
三、依中華民國法律設立或登記之營利事業，實際管理處所在中華民國境外之證明文件。
四、營利事業自行或委託自由港區事業從事貨物採購、輸入、儲存或運送之計畫書，內容包含：（一）營利事業基本資料，包含設立日期、資本額、董事長、總經理、員工人數、年營業額、營業項目、公司地址及聯絡人等。
（二）主要營業活動（包括在中華民國境內、外執行之功能、承擔之風險及使用之資產）之說明。
（三）在中華民國境內從事之營業活動，就其境內、外整體營業活動而言非屬核心、必要及重要活動之說明。
（四）於自由港區進儲及銷售貨物符合免稅活動範圍之說明。
（五）其他足資證明符合第四條及第五條規定之文件。
五、營利事業委託自由港區事業從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，檢附與自由港區事業簽訂之生效委託合約及中文簡譯本。
自由港區管理機關及稅捐稽徵機關審查前項第四款規定之文件時，對營利事業在中華民國境內從事之營業活動是否屬準備或輔助性質之活動存有疑義時，得請營利事業提示價值鏈貢獻分析及相關證明文件。
第一項第四款規定之計畫書及前項價值鏈貢獻分析，如提示會計師簽證報告，得予書面審核。
營利事業委託代理人申請者，應檢附授權書正本。
營利事業得就其銷售之個別貨物依第一項規定申請證明函，其經自由港區管理機關審查符合第四條規定在中華民國境內僅從事準備或輔助性質活動，且其就該貨物在境內從事之活動符合前條規定範圍並能明確計算銷售該貨物之所得者，得就個別貨物核發證明函。
自由港區管理機關核發第一項及前項規定證明函時，應註明免徵期間及副知主管機關、財政部賦稅署及所在地稅捐稽徵機關。
營利事業取得前條第一項證明函後，應如期辦理當年度營利事業所得稅結算申報，於申報時應依規定格式填報及檢附下列文件，向所在地稅捐稽徵機關申請免徵營利事業所得稅，當年度始得免徵：一、自由港區管理機關核發之符合營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動於自由港區從事貨物採購、輸入、儲存或運送證明函影本。
二、租稅獎勵表及相關證明文件。
營利事業所得稅結算申報委託會計師查核簽證申報及營利事業依第五條第一款第一目之2規定申請免徵營利事業所得稅者，其租稅獎勵表及相關證明文件應經會計師複核。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
營利事業依第一項規定填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；屆期未補正者，稅捐稽徵機關不予受理。
營利事業在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人者，應報經稅捐稽徵機關核准，委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，代理申報納稅。
稅捐稽徵機關審核營利事業申報適用免稅之所得內容及其相關事項，得請自由港區管理機關及各產業中央目的事業主管機關協助認定。
營利事業已依本條例第三十五條第一項及本辦法規定免徵營利事業所得稅，嗣後發現其從事實際交易情形不符合第三條至第五條規定者，營利事業應向所在地稅捐稽徵機關補繳其不符合規定之所得已免徵之營利事業所得稅，並自免徵年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
營利事業應於辦理各年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起一個月內，將第七條第一項第二款規定之租稅獎勵表提送自由港區管理機關。
自由港區事業應於辦理各年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起二個月內，將各該年度受營利事業委託從事本條例第三十五條第一項規定業務之營運績效資料提報自由港區管理機關。
自由港區營運機構應於辦理各年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起二個月內，將各該年度自由港區適用本條例第三十五條第一項規定之營運績效資料提報自由港區管理機關。
自由港區管理機關應於每年十月底前按其已收到之前三項資料，編製上年度適用本條例第三十五條第一項規定申報所得稅減免之成效評估報告送主管機關備查；其成效評估報告內容，應包括第一項所得稅減免金額及前二項實施效益相關資料。
成效評估報告之申報所得稅減免金額與稅捐稽徵機關核定金額不符者，自由港區管理機關應修正成效評估報告後，送主管機關備查。
營利事業委託自由港區事業於自由港區內從事貨物採購、輸入、儲存或運送之業務，如受委託之自由港區事業或受託內容有變更，或因合約屆滿再行續約者，應依第六條規定重行申請。
自由港區管理機關應於本條例第三十五條所得稅減免之實施期限屆滿前三年，完成是否繼續實施租稅措施之評估報告提報主管機關備查。
自由港區事業未依第九條規定提報營運績效資料者，經自由港區管理機關稽核，並就應改正事項通知限期改正而未改正，自由港區管理機關得依自由貿易港區事業營運管理辦法第十六條規定處理。
營利事業或自由港區事業有下列情形之一者，自由港區管理機關得撤銷或廢止其證明函或核准函，並通知主管機關、財政部賦稅署、所在地稅捐稽徵機關及轄區海關：一、營利事業依第六條及第七條規定提示之申請書或相關文件有虛偽不實者，自由港區管理機關得撤銷其證明函。
二、營利事業經查獲不符合第三條至第五條規定者，自由港區管理機關得撤銷或廢止其證明函。
三、營利事業未依第九條第一項規定提示租稅獎勵表者，自由港區管理機關得廢止其證明函。
經自由港區管理機關依前項規定撤銷或廢止證明函或核准函者，營利事業應向所在地稅捐稽徵機關補繳已免徵之營利事業所得稅，並自免徵年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
自由港區事業及自由港區營運機構依第九條提報資料之格式，由主管機關訂定並公告。