交通部臺灣鐵路管理局(以下簡稱本局)掌理下列事項：一、鐵路中長程發展、經建計劃、重大投資、資源規劃、經營策略、專案研究分析評估及資訊系統之建立運用。
二、鐵路行銷業務、客貨運經營、附屬事業管理及有關營業設施、設計、調查、督導、考核。
三、鐵路行車、運轉、車輛調度、車站設置調整及有關運輸設備、保安之設計、督導、考核。
四、鐵路橋樑、隧道、路線、工程、建築、產業管理之設計、督導、考核。
五、鐵路動力車、客貨車運用計劃、車輛設備、設計、督導、考核。
六、鐵路電訊、照明、號誌及電力等電務設施之設計、督導、考核。
七、鐵路材料籌劃、採購保管、調配、稽核。
八、其他有關鐵路之管理。
本局設秘書室，掌理稽核、會議、法律事務、機密文件、研究發展、管理革新、年度施政及工作計畫之彙編、管制考核、各項重要業務檢查、建議、業務報導、典禮、諮詢、新聞行政、國會聯絡等事項。
本局設行政處，掌理文書、印信、事務管理、財務調度、國內外債務籌劃、出納、公務汽車管理及總動員業務之規劃、推行、演習測驗、督導考核等事項。
本局設勞工安全衛生室，統籌規劃、督導及推行勞工安全衛生有關事項。
本局置局長一人，綜理局務，並指揮監督所屬員工及其附屬機構；副局長三人，襄助局務。
本局置總工程司一人，副總工程司六人，主任秘書一人，專門委員五人，處長七人，副處長十五人，其中六人由正工程司兼任，主任三人，其中一人兼任，副主任一人，科長四十一人，其中十一人由正工程司或副工程司兼任，正工程司三十三人，副工程司三十四人，秘書三人，視察三十四人，專員九十四人，幫工程司五十三人，稽查九人，主任調度員四人，調度員六人，機車調度員十七人，由幫工程司或工務員兼任，勞工安全管理師一人，勞工衛生管理師一人，勞工安全衛生管理員一人，科員二百三十四人，工務員六十七人，助理工務員十人，助理員七人，辦事員二人，書記二十二人，業務助理一百八十一人，技術助理二十四人。
本條例施行前，原臺灣省政府交通處臺灣鐵路管理局依雇員管理規則僱用之現職雇員，其未具任用資格者，得占用前項書記或業務助理職缺繼續僱用至離職時為止。
本條例施行前，原交通部路港防護團以公務人員任用法任用之現職人員，於該團裁撤後移撥至本局者，得以原職稱原官等繼續任用至離職時為止。
本局設人事室，置主任一人，副主任一人，依法辦理人事管理事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本局設會計室，置會計主任一人，副主任二人，依法辦理歲計、會計及統計事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本局設政風室，置主任一人，依法辦理政風事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。
本局人員之任用，適用交通事業人員任用條例。
本條例所列各職稱之資位，依交通事業人員資位職務薪給表之規定。
本局原依公務人員任用法銓敘審定有案之現職及依職期輪調規定調進之人事、主計、政風人員，得繼續適用公務人員任用法相關規定至離職時為止。
前項人員經派充為第十條至第十二條所定之職稱，其人事室及政風室主任、會計室會計主任職務均列簡任第十職等；副主任職務列薦任第九職等至簡任第十職等；科長職務列薦任第九職等；視察、專員職務均列薦任第七職等至第八職等；科員職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；助理員職務列委任第四職等至第五職等，得以其員額二分之一以內列薦任第六職等；辦事員職務列委任第三職等至第五職等；書記職務列委任第一職等至第三職等。
本局為辦理鐵路工程、客貨運輸、車輛調度及機客貨車與路線電氣設備之養護、材料之儲運管制、票務印製、局內外無線電聯絡、較遠地區營業款項收付等事項，得分設所、段、站、廠、隊、中心等分支機構，其組織通則另以法律定之。
本局為辦理鐵路沿線倉儲、運送業務及機、客、電、貨內燃車之修理、製造、沿線客運有關餐廳、餐車之經營、電訊器材之修造、鋼樑之修造加固軌道石碴之生產等事項，得設餐旅服務總所、貨運服務總所，並得分設各機廠，其組織另以法律定之。
本局各單位在不影響本身業務之原則下，得承辦公私機構委請代辦與鐵路行車安全及營運有關建築、土木、機械、電氣、鐵路車輛、電子資料處理等工程。