本辦法依離島建設條例(以下簡稱本條例)第十四條及第十七條規定訂定之。
離島供水營運虧損補助對象，以經中央自來水主管機關核准經營之自來水營運單位或縣(市)政府核准之自來水合作社為限。
本條例第十四條所稱臺灣本島自來水平均費率，由中央自來水主管機關定之。
離島自來水營運單位或自來水合作社，應依下列公式計算離島供應自來水之合理虧損：合理虧損＝必須之自來水成本－前條中央自來水主管機關訂定公告之平均費率收取之離島自來水費總收入。
前項所稱必須之自來水成本，包括離島自來水供應必須之各項生產成本、財務費用、應分攤之業務、管理費用、研究發展費用及員工訓練費用。
離島自來水營運單位或自來水合作社應於每年二月中旬前提供當年度虧損估算表，送自來水中央主管機關審核及編列次年度預算。
離島自來水營運單位或自來水合作社於各年度結束後，應編列決算書，提報上一年度售水虧損額度，向中央自來水主管機關申請撥補；中央自來水主管機關應於接獲申請後三個月內完成初審，核撥虧損額度七成之經費。
其虧損餘額之撥補，按經審計部審定或會計師簽證後之財務報表，於一個月內依上一年度之售水虧損實績編製報表，向中央自來水主管機關申請撥補；中央自來水主管機關應於接獲申請後三個月內完成審核，並覈實撥補其餘額。