本辦法依流域綜合治理特別條例（以下簡稱本條例）第六條第一項規定訂定之。
經濟部（以下簡稱本部）設流域綜合治理計畫推動小組（以下簡稱本小組），辦理本條例規定之流域綜合治理計畫之審查、督導、管制考核、政策協調、研究發展與人才培訓及其他相關事項。
本小組下設審查工作小組及考核工作小組，協助辦理流域綜合治理計畫之審查及考核。
本小組之任務如下：一、流域綜合治理計畫修正之審查。
二、流域綜合治理計畫推動之政策協調事項。
三、流域綜合治理計畫執行之督導及管制考核。
四、執行情形及績效報告之審查。
五、流域綜合治理計畫推動之研究發展及人才培訓。
六、聽取審查工作小組及考核工作小組之工作成果報告，並協助解決困難。
七、流域出流管制機制之推動。
八、其他流域綜合治理計畫推動事項。
審查工作小組之任務如下：一、流域綜合治理計畫修正之初審。
二、各執行計畫之審查。
三、各工作項目之規劃與檢討、工程設計及有關事項之審查。
四、執行機關（構）工作介面之整合協調。
五、民眾參與策略諮詢。
六、其他本小組交付審查或協調事項。
考核工作小組之任務如下：一、流域綜合治理計畫執行之督導及管制考核。
二、執行情形及績效報告之初審。
三、督導直轄市、縣（市）政府與農田水利會擬定相關維護管理計畫及防災應變計畫。
四、民眾參與成果督考。
五、其他本小組交付之考核事項。
本小組置召集人一人，由本部部長擔任之；副召集人三人，分別由本部主管水利業務次長、內政部次長及行政院農業委員會副主任委員擔任之；委員二十四人至二十六人，除召集人及副召集人為當然委員外，其餘委員由本部聘請下列人員擔任之：一、國家發展委員會國土區域離島發展處處長。
二、國家發展委員會管制考核處處長。
三、行政院主計總處處長。
四、行政院公共工程委員會處長。
五、行政院環境保護署處長。
六、行政院農業委員會處長。
七、原住民族委員會處長。
八、行政院農業委員會水土保持局局長。
九、行政院農業委員會林務局局長。
十、行政院農業委員會農糧署署長。
十一、行政院農業委員會漁業署署長。
十二、交通部公路總局局長。
十三、財政部國庫署署長。
十四、內政部營建署署長。
十五、內政部地政司司長。
十六、本部水利署署長。
十七、水利、水土保持、生態景觀及環境保護專家、學者四人至六人。
本小組幕僚作業，由本部水利署辦理。
本小組置執行秘書一人，由本部水利署署長兼任，承召集人之命，綜理本小組行政幕僚作業；置副執行秘書一人，由本部水利署副署長或總工程司擔任，襄助執行秘書指揮督導所屬業務。
審查工作小組置召集人一人，由本小組執行秘書兼任，綜理小組審查業務；置副召集人一人，由本小組副執行秘書兼任，協助召集人辦理審查工作小組審查業務；委員二十二人至二十六人，除召集人及副召集人為當然委員外，其餘委員由本部聘請下列人員擔任之：一、行政院公共工程委員會代表一人。
二、行政院農業委員會農田水利處代表一人。
三、行政院農業委員會水土保持局代表一人。
四、行政院農業委員會林務局代表一人。
五、行政院農業委員會農糧署代表一人。
六、行政院農業委員會漁業署代表一人。
七、交通部公路總局代表一人。
八、行政院環境保護署代表一人。
九、內政部營建署代表一人。
十、本部水利署代表三人。
十一、國家災害防救科技中心代表一人。
十二、水利、水土保持、生態景觀、都市計畫及環境保護專家、學者五人至七人。
十三、民間團體代表二人至四人。
考核工作小組置召集人一人，由本小組執行秘書兼任，綜理考核工作小組考核業務，置副召集人一人，由本小組副執行秘書兼任，協助召集人辦理考核工作小組考核業務；委員二十一人至二十五人，除召集人及副召集人為當然委員外，其餘委員由本部聘請下列人員擔任之：一、國家發展委員會管制考核處代表一人。
二、行政院公共工程委員會代表一人。
三、行政院農業委員會農田水利處代表一人。
四、行政院農業委員會水土保持局代表一人。
五、行政院農業委員會林務局代表一人。
六、行政院農業委員會農糧署代表一人。
七、行政院農業委員會漁業署代表一人。
八、交通部公路總局代表一人。
九、內政部營建署代表一人。
十、本部水利署代表三人。
十一、水利、水土保持、生態景觀及環境保護專家、學者五人至七人。
十二、民間團體代表二人至四人。
各小組每六個月召開一次會議，必要時得召開臨時會議，並得邀請直轄市、縣（市）政府及有關機關代表列席說明。
小組會議均由召集人召集之；召集人因故無法出席時，得指派副召集人代理之。
召集人及副召集人均不克出席時，得由出席委員互推一人主持。
各小組兼職人員均為無給職。
各小組所需行政經費，由本部水利署編列預算支應。
各直轄市、縣（市）政府及各中央目的事業主管機關，應依行政院核定之流域綜合治理計畫擬定各執行計畫。
前項執行計畫應由各中央目的事業主管機關先行審查後，再送審查工作小組審查，並於本部核定後，再據以辦理。
為利計畫執行，直轄市、縣（市）政府應成立專案小組配合本小組執行相關計畫。
各中央目的事業主管機關應自行辦理本條例有關流域綜合治理計畫之各項管制考核後，送本小組審查。
各中央目的事業主管機關應建立與在地民眾、團體協商溝通機制。