本辦法依水利法（以下簡稱本法）第四十七條之一第一項及第二項規定訂定之。
本辦法適用之地下水管制區（以下簡稱管制區）由中央主管機關考量地層下陷、地下水位變化、地質條件及其他相關因素，區分為第一級及第二級管制區劃定公告，並刊登政府公報；變更時，亦同。
前項管制區之劃定，中央主管機關得每五年或依實際狀況檢討變更之。
本辦法用詞定義如下：一、鑿井：指挖鑿或設置於地面以下，可抽汲地下水之建造物者。
二、引水：指抽汲地下水並加以使用或收益者。
鑿井引水位於第二級管制區內者，應符合下列各款規定之一；其位於第一級管制區內者，以符合第一款、第四款、第六款或第七款規定之一為限：一、自來水系統尚未到達或尚未供水地區之家用及公共給水。
二、經主管機關同意，進行地下水人工補注及回用。
三、因應中央各目的事業主管機關政策需要，報經中央主管機關同意，對於地下水水權重新調配引水。
四、中央農業主管機關或臺灣省政府核定之養殖漁業生產區，規劃作為公共管線之水源，經中央主管機關同意，並指定適當地點鑿井引水。
五、溫泉法劃定公告之溫泉區內，依其溫泉區管理計畫規劃為公共管線之水源，並經中央主管機關同意。
六、國防設施或營區、國際航空站、國際商港、消防機關、醫學中心或區域醫院，供水有中斷之虞，必須設置備用水井。
七、主管機關或中央目的事業主管機關為預防戰爭、天然災害或其他重大變故，對公共利益或經濟造成重大影響，有設置備用水井之必要，並經中央主管機關同意。
管制區內已取得水權之水井，因下列情事之一，致水井不堪或無法使用，原水權人仍有續行用水之必要，得鑿井引水：一、戰爭、天然災害、重大變故或時日久遠自然耗損。
二、政府依法撥用或徵收土地。
三、無條件捐贈水井所在土地予政府作為公共設施之用。
四、原提供家用及公共給水或農業用水等公共使用之水井，因土地所有權人收回土地。
符合前二項得鑿井引水之要件，應於水權狀之其他應行記載事項中載明；屬備用水井者，應同時載明之。
符合第一項第七款規定鑿井引水者，得指定實際使用單位辦理後續興辦水利事業申請及水權登記事項。
目的事業主管機關為保護重大公共設施安全需要，得請中央主管機關公告管制區內距離公共設施一定範圍內，申請鑿井引水之限制或應遵行事項。
主管機關受理前項公告範圍內鑿井引水申請時，應轉請目的事業主管機關同意後，始得核准。
符合前條第一項第一款規定鑿井引水者，於自來水系統開始供水後，主管機關應通知地下水水權人限期停用地下水，並於期限屆滿後廢止其水權。
符合第五條第一項第二款規定鑿井引水者，其回用水量於同一含水層內不得超過補注水量。
水權人應記錄其補注及回用水量，並於年度結束後一個月內檢具其補注及回用水量紀錄表送主管機關備查。
符合第五條第一項第三款規定鑿井引水者，重新調配引水之總引用水量，不得超過原水權狀記載之引用水量。
符合第五條第一項第四款或第五款規定鑿井引水者，其養殖漁業生產區及溫泉區內同一目的事業之既有水井，除經中央主管機關同意保留或做為公共水井外，應於公共水井及公共管線設置完妥後填塞，並報主管機關備查。
養殖漁業生產區之水井填塞費用，得由中央農業主管機關編列。
符合第五條第一項第六款或第七款規定鑿井引水者，應於原有供水系統無法供水時，始得使用備用水井。
依前項規定使用備用水井者，應於開始引水後十五日內檢具供水中斷證明文件或相關原因證明文件送主管機關備查；引水原因消滅後，應提停止使用，暫予封閉水井，並於停止使用後一個月內檢具用水紀錄表及水井封閉影像送主管機關備查。
因戰爭、天然災害或不可歸責於水權人之重大變故，致無法於開始引水後十五日內依前項規定報主管機關備查者，應於該事由消滅之次日起十五日內為之。
符合第五條第二項規定於管制區內鑿井引水者，應於原水井鄰近地點重新鑿井，並應依本法規定，向主管機關申請鑿井及水權變更登記。
因戰爭、天然災害或不可歸責於水權人之重大變故，致無法依規定提出鑿井及變更登記之申請者，得先行鑿井引水，並應於該事由消滅之次日起十五日內補辦之。
主管機關受理前二項水權變更登記時，其水井深度及引用水量不得超過原水權狀之記載。
管制區內遭受戰爭、天然災害或其他重大變故，致原有供水系統無法供水者，得於主管機關公告管制區之特定區域範圍內鑿井引水。
依前項規定鑿井引水者，應於開始引水後十五日內檢具相關原因證明文件送主管機關備查；引水原因消滅後，應停止使用及填塞水井，並於停止使用後一個月內檢具用水紀錄表及水井填塞影像送主管機關備查。
因不可歸責於水權人之事由致無法依前項規定報主管機關備查者，應於事由消滅之次日起十五日內為之。
第二項引水原因消滅後，經主管機關或中央目的事業主管機關認有保留設置備用水井之必要並符合第五條第一項第七款規定者，得於停止使用後一個月內依第五條第三項規定辦理水權登記，並暫予封閉水井。
管制區內申請水權變更登記者，除有第五條第二項情事，得依第十一條第一項規定變更引水地點者外，不得變更引水地點，並不得超過原水權狀之記載之水井深度及總引用水量。
國營事業、農田水利會、公務機關或公立學校配合政府政策停用既有水井者，應申請變更水權登記為備用水井。
符合前項規定變更為備用水井者，使用、封閉及維護作業，除自來水事業及農田水利會之備用水井，應分別依中央主管機關及中央農業主管機關訂定之使用封閉及維護作業規定辦理外，應依第十條及第十五條規定辦理。
依第五條第一項第六款、第七款或第十二條第四項規定設置備用水井者，為定期維護需要，得抽汲必要水量；其抽汲水量紀錄表，應於年度結束後一個月內送主管機關備查。
主管機關對管制區內之地下水抽水量、補注量及地層下陷之關係，應予觀測、調查及研究。
依本辦法應填塞之水井，主管機關為地下水水資源保育需要，得為觀測或監測地下水水位使用。
管制區內於中華民國九十九年八月四日前已存在未經核准鑿井引水者，依各該管制區主管機關公告之納管作業規定完成申報，並配合主管機關完成複查作業及自行裝設水量計或獨立電表後，得申請補辦鑿井許可及水權登記。
主管機關核准前項水權申請時，得於水權狀內註記應減抽、停抽情況及啟用之要件。
前項水權期限不得逾三年，於自來水、地面水或其他水源可滿足其需求之水量時，主管機關應通知地下水水權人限期停用地下水及填塞水井，並於期限屆滿後廢止其水權。
第一項申報納管及複查作業，由主管機關訂定，並報請中央主管機關備查。
溫泉水井不適用本條規定。