本辦法依毒品危害防制條例(以下簡稱本條例)第三十二條之一第二項規定訂定之。
本辦法所稱跨國性毒品犯罪案件，指涉嫌犯本條例罪，而與各該案件有關之毒品、人員及其相關人、貨需入、出國境之案件。
本辦法所稱入、出境管制機關，指下列機關及其所屬機關：一、海洋委員會海巡署。
二、內政部移民署。
三、內政部警政署航空警察局。
四、內政部警政署基隆、臺中、高雄、花蓮港務警察總隊。
五、財政部關務署。
前項入、出境管制機關應指定專責單位，負責受理有關檢察及司法警察機關之控制下交付作業。
偵查計畫書除應記載本條例第三十二條之二規定之事項外，應附註下列內容：一、犯罪嫌疑人或被告之刑案資料查詢紀錄表。
二、犯罪嫌疑人或被告是否另有他案拘提或通緝中。
前項偵查計畫書之提出，應酌留最高檢察署檢察總長之審核及入、出境管制機關之管制作業準備所需時間。
檢察及司法警察機關於最高檢察署檢察總長核發偵查指揮書後，應依偵查指揮書之內容，檢附相關文件，以書面通知第三條第二項之入、出境管制機關專責單位。
前項書面，應以密件處理之，並記載下列事項：一、犯罪嫌疑人或被告之姓名、年籍、資料。
二、毒品之種類、數量及運送起迄處所。
三、毒品、被告、犯罪嫌疑人與其相關人、貨之入出境航次、漁港、船名、時間及方式。
四、偵查犯罪所需時間。
五、入出境管制機關所應採取之作為。
六、其他與毒品、被告及犯罪嫌疑人入出國境有關事項。
第三條第二項所列之入、出境管制機關專責單位於接獲檢察或司法警察機關之書面通知後，應即配合辦理有關控制下交付作業。
前項相關人員，應嚴守知悉之職務秘密，違反者依相關法令議處。
檢察及司法警察機關對於入、出境管制機關之人員，因執行控制下交付作業時人身安全之保障，應提供必要之協助。
檢察及司法警察機關於控制下交付作業完成後，應將偵查結果陳報最高檢察署檢察總長，並以密件通知入、出境管制機關，俾入、出境管制機關得為必要之處置。
檢察及司法警察機關於毒品、人員及其相關人、貨入境後，應依偵查計畫書所載之方式，採取防制毒品散逸及犯罪嫌疑人逃逸之監督作為。