本辦法所稱事後稽核，指海關於進出口貨物放行之翌日起二年內，要求納稅義務人、貨物輸出人或其關係人(以下簡稱被稽核人)，提供與進出口貨物有關之紀錄、文件、會計帳冊及電腦相關檔案或資料庫等，或通知其至海關辦公處所備詢，或由海關人員至其場所調查。
前項場所，指被稽核人之住居所、公司所在地、營業場所、生產經營場所或貨物、相關紀錄、文件、會計帳冊、電腦資料等之存放處所。
第一項事後稽核查核內容包括貨名、完稅價格、離岸價格、稅則號別、數量、產地、減免關稅適用條件、保稅、沖退稅及海關配合執行管制措施之相關事項等。
海關為篩選事後稽核案件，得於下列範圍選定之：一、進口案件。
二、出口案件。
三、保稅案件。
四、沖退稅案件。
五、其他關稅法規規定之相關事項。
海關選定事後稽核案件後，除應於進出口貨物放行之翌日起六個月內以書面通知被稽核人實施事後稽核外，應視案件需要，依下列作業程序辦理：一、執行事後稽核前，應以書面記載下列事項，通知被稽核人。
(一)執行事後稽核之事由及法令依據。
(二)被稽核人之姓名或名稱及住居所、公司所在地、營業場所、生產經營場所。
(三)稽核期日及場所。
(四)應備妥待查之帳冊、單據等資料。
(五)被稽核人得委任代理人。
(六)拒絕稽核之處理。
(七)稽核機關。
二、必要時召開稽核會議，並得請相關人員及被稽核人參加。
三、視案件需要，得請被稽核人填答問卷。
四、至被稽核人場所調查時，依下列規定辦理：(一)稽核人員不得少於二人，必要時得請相關業務人員共同前往。
(二)稽核人員應出示財政部關務稽查證，並先確認接受訪談人之身分，如係代理人接受訪查，應確認代理人之身分及其代理權限。
(三)稽核人員應製作談話紀錄，並請被稽核人簽認。
五、被稽核人提供之文書、資料或物品，海關應掣給收據，並應於提送齊全之翌日起十四日內發還之。
其有特殊情形經海關主管核准者，得視實際需要延長發還時間，並應將延長發還理由通知被稽核人。
但所提供文件為影本者，不在此限。
六、查案結束後，稽核人員應將稽核結果繕具稽核報告。
海關執行事後稽核時，得行使下列職權：一、查閱、抄錄、影印、複製被稽核人與進出口貨物有關之紀錄、文件、單據、會計帳冊及電腦相關檔案或資料庫等及對進出口貨物取具貨樣、型錄或說明書等。
二、進入被稽核人之場所，調查與進出口貿易活動有關之生產、經營、貨物儲存、銷售、流向等情形。
三、詢問被稽核人之負責人、代理人、或其他有關人員，並製作談話紀錄。
四、認有違反海關緝私條例規定之貨物，得予以扣押，並依海關緝私條例第二十二條規定交付扣押收據。
五、函請相關機關及機構提供與進出口貨物有關之資料及其他文件。
六、其他法令規定之職權。
海關對前項被稽核人所提供之文件資料，認有進一步查證之必要者，得請其提供承諾書，同意海關向金融機構調取與進出口貨物有關之資料。
被稽核人拒絕提供承諾書，海關應敘明案由並說明必須調查之理由，逐案報經財政部核准後向金融機構調取資料。
貨樣之提取、管理與發還，準用進出口貨物查驗準則及進出口貨物查驗注意事項相關規定辦理。
海關執行事後稽核時，被稽核人規避、妨礙或拒絕提供資料、到場備詢或配合調查者，海關得依關稅法第七十五條規定處新臺幣三千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰。
海關執行事後稽核時，發現重大違法漏稅案件，得協調稅捐稽徵機關、其他有關機關協查或組成專案小組會同稽核。
海關執行事後稽核之結果，應依下列規定處理：一、被稽核人若有應補、應退稅費情事者，應依其相關規定辦理。
二、發現被稽核人違反關稅法、海關緝私條例或其他法令者，應依其規定論處。
三、發現違反其他法令規定者，應移請有關單位處理。
海關執行事後稽核案件，不得洩漏被稽核人所提供之商業機密，並不得侵犯被稽核人之合法權益。