金門金門馬祖澎湖與大陸地區通航入出境許可證件規費收費規定如下：一、單次入出境證：每件新臺幣四百元；單次入境或出境者，減半收費。
二、二年效期以下多次入出境證件：每件新臺幣八百元。
三、逾二年效期多次入出境證件：每件新臺幣二千元。
四、臨時停留許可證件：以網際網路提出申請者，每件新臺幣二百元；於入境時提出申請者，每件新臺幣四百元。
前項證件之延期，每件新臺幣二百元。
因證件污損、滅失、遺失或資料變更申請補發者，應依第一項規定收費。
在金門、馬祖或澎湖設有戶籍六個月以上之臺灣地區人民，免收規費。
依本標準收費時，應掣發收據。
但有國庫法施行細則第二十二條第一項第一款至第三款情形之一者，得免掣發。
申請案件不予許可者，其所收規費，申請人得申請退還。