本辦法依中華民國專屬經濟海域及大陸礁層法第八條第一項規定訂定之。
本辦法用詞定義如下：一、人工島嶼：指依海事工程建造之固定式或浮體式可供活動使用之基地。
二、設施：指配合人工島嶼之使用目的或依海事工程獨立建造之固定式或浮體式可供活動使用之設備。
三、結構：指連結或支撐人工島嶼、設施或依海事工程獨立建造屬於前二款以外之構造物。
四、建造：指新建或設置人工島嶼、設施或結構之行為。
五、使用：指依建造之目的利用人工島嶼、設施或結構之行為。
六、改變：指增建或改建人工島嶼、設施或結構之行為。
七、拆除：指拆卸移除全部人工島嶼、設施或結構之行為。
在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層建造人工島嶼、設施或結構，應檢附下列文件，向主管機關申請許可：一、申請書。
二、建造計畫書、圖。
三、使用計畫書、圖。
四、財務計畫書。
五、人工島嶼、設施或結構對海域生態與漁業影響評估報告及減輕影響對策。
六、人工島嶼、設施或結構在海域礦區者，該礦區經營人之同意書。
七、人工島嶼、設施或結構不影響航行安全，經航政主管機關認可之證明文件。
八、依環境影響評估法規定應實施環境影響評估者，該管環境保護主管機關之同意文件。
九、依漁業法規定應請求漁業權變更、撤銷或停止行使者，該管漁業主管機關之同意文件。
十、人工島嶼、設施或結構依法令規定應經目的事業主管機關許可者，該管目的事業主管機關之許可文件。
十一、其他經主管機關指定之文件。
依前條規定申請取得許可者，應於建造施工期間，依施工進度分期分區記錄及拍照。
在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層使用人工島嶼、設施或結構，應於建造完成後，檢附下列文件，向主管機關申請許可；變更使用時亦同：一、申請書。
二、使用計畫書、圖。
但與原核定使用計畫書、圖完全相符者，免附。
三、建造許可影本。
四、建造施工期間分期分區記錄資料及照片。
五、竣工平面圖、立面圖及竣工照片。
六、人工島嶼、設施或結構及其附近海底地形實測資料。
七、其他經主管機關指定之文件。
在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層改變人工島嶼、設施或結構，應檢附下列文件，向主管機關申請許可：一、申請書。
二、改變計畫書、圖。
三、建造許可影本。
四、第四條第三款至第十款規定應檢附之各項文件、圖說。
但與原核定建造許可所檢附資料完全相符者，免附。
五、其他經主管機關指定之文件。
在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層拆除人工島嶼、設施或結構，應檢附下列文件，向主管機關申請許可：一、申請書。
二、使用許可影本。
三、拆除計畫書、圖。
四、其他經主管機關指定之文件。
外國人申請第四條或第六條至前條之許可，應經由中華民國駐外使領館、代表處、辦事處或其他外交部授權機構轉請外交部函轉主管機關辦理之。
但其在中華民國設有分支或代理機構者，得由該取得授權之分支或代理機構，向主管機關申請。
申請人提出之文件係外文者，應檢具中文譯本，並經中華民國駐外使領館、代表處、辦事處或其他外交部授權機構證明。
前項中文譯本，亦得依公證法規定，由公證人認證。
主管機關受理許可申請後，應於六個月內審查完竣，必要時得延長六個月；經審查不符合規定，而其情形可以補正者，應訂期限通知申請人補正，不依限補正者，駁回其申請。
主管機關為辦理本辦法所定申請許可事項，得邀集相關機關代表、學者專家組成專家小組審查：並得會同有關機關進行勘驗。
前項審查內容涉及專門技術或知識者，得委託專業機構或學術團體代為審查；其所需費用，由申請人負擔。
從事人工島嶼、設施或結構之建造、使用、改變或拆除者，應建立警示裝置及浮標；並通知航政主管機關公告該警示裝置與浮標之位置、深度、大小及人工島嶼、設施或結構之施工期間。
在中華民國專屬經濟海域或大陸礁層建造、使用、改變或拆除人工島嶼、設施或結構，須經中華民國領海及領海基線以內者，其申請許可，適用本辦法之規定。