本辦法依離島建設條例(以下簡稱本條例)第九條之二第二項規定訂定之。
本辦法之申請人，以實施戰地政務終止前，曾於金馬地區申請核准荒地承墾並已依限實施開墾，其後因軍事原因致未能繼續耕作取得所有權之承墾人或其繼承人為限。
申請人依本辦法申請開墾費或耕作權補償者，應檢附下列證明文件，以書面向該公地管理機關為之：一、申請人身分證明文件。
二、土地登記謄本或得以證明經核准承墾之文件。
申請人為承墾人之繼承人時，應提出土地登記規則第一百十九條規定之證明文件。
土地標示或公地管理機關不明者，申請人得將申請案件送請招墾機關查明後，由招墾機關逕行移送公地管理機關受理。
前項申請案件，以招墾機關收受之日，視為提出申請之日。
第一項申請期限，自本條例修正施行之日起二年內為之，逾期不予受理。
申請案件之處理程序如下：一、公地管理機關應將申請文件送請招墾機關協助審查承墾人是否經核准承墾並已依限實施開墾；承墾土地標示不明者，並應由招墾機關查明。
二、招墾機關審查後，將審查意見連同相關證明文件移回公地管理機關。
三、公地管理機關應查明該土地是否因軍事原因，致承墾人或其繼承人未能繼續耕作取得所有權；該公地管理機關如非屬軍事機關，得將申請案件移送國防部或當地軍事機關協助查明。
四、承墾土地經查明符合規定者，公地管理機關應於三十日內核定補償費並通知申請人；其不符合規定者，應敘明理由函復申請人。
五、公地管理機關應自核定補償費函復申請人之日起二年內，通知申請人領取補償。
經通知領取補償費之申請人，應於受通知之日起三個月內領取，屆期未領取者，由公地管理機關依法提存。
第一項第三款承墾土地是否因軍事原因，致承墾人或其繼承人未能繼續耕作取得所有權之認定，如有爭議時，得由招墾機關邀集公地管理機關及國防部(或當地軍事機關)組成專案小組調查處理。
承墾人已依限實施開墾，而尚未取得耕作權者，按申請當期公告土地現值十分之一補償其開墾費。
承墾人已取得耕作權者，按其取得耕作權之年限除以十，再乘以申請當期之公告土地現值計算後補償之。
前項耕作權取得之年限，以自依法為耕作權登記之日起至軍事原因致未能繼續耕作之日計算耕作權取得期間。
其取得耕作權尚未滿一年者，以一年計算。
公地管理機關依本辦法補償完竣後，應通知招墾機關註銷其承墾權。
承墾人已辦竣耕作權設定登記者，並應由公地管理機關囑託登記機關辦理耕作權塗銷登記。