本辦法依合作社法（以下簡稱本法）第五十四條之三第四項規定訂定之。
主管機關應每年訂定年度稽查計畫及實施期程，派員實地稽查合作社應稽查總社數十分之一以上為原則；無法派員實地稽查時，得以書面稽查。
稽查合作社之項目，包括社務、業務及財務；必要時，得由主管機關決定之。
稽查合作社之資料期間，以最近一年度為原則；必要時，得由主管機關決定之。
主管機關應依稽查所得資料，提出稽查報告，並就稽查發現缺失，提出具體改進意見，督促合作社改善之。
主管機關對於合作社稽查缺失之改善情形，應予追蹤輔導；重大缺失未能及時改善者，應請其提出限期改善計畫，並督促執行。
主管機關辦理合作社之稽查，其稽查結果及缺失之改善情形，列入年度考核之項目。
主管機關應於每年度終了時，對於依法核准成立登記之日起滿一年之合作社，依下列方式擇一辦理考核：一、書面考核：依據合作社報送之各種書類資料辦理。
二、實地考核：指派人員前往合作社實地辦理。
主管機關應依據考核評定表（如附表）所列評分規定，評定合作社之考核成績，並以考核成績之分數，評定成績等級如下：一、九十分以上者為優等。
二、八十分以上，未滿九十分者為甲等。
三、七十分以上，未滿八十分者為乙等。
四、六十分以上，未滿七十分者為丙等。
五、未滿六十分者為丁等。
主管機關應將考核結果之成績等級通知受考核之合作社，並依下列規定分別辦理獎勵及輔導：一、優等：由中央主管機關發給獎牌、獎狀或獎金；必要時，主管機關亦得予以獎勵。
二、甲等：由主管機關發給獎牌、獎狀或獎金。
三、乙等：由主管機關嘉獎。
四、丙等及丁等：不予獎勵，並由主管機關輔導改善；重大缺失未能及時改善者，應請其提出限期改善計畫，並督促執行，其改善辦理情形，列入次年度之考核項目。
前項評定成績等級列入優等者，應由主管機關檢同各該社之考核評定表及本法第三十六條第一項之法定書類，於次年度開始後四個月內，報請中央主管機關核辦。
辦理合作社之考核時，對各該社理事、監事及其他職員應同時考核，除有本法第四十三條情事依法辦理外，由主管機關依下列各款規定考核之：一、誠實勤勉公正，確為社內外人士所信賴者。
二、處理社務有條不紊，規劃業務切實周詳，致各社員確已獲得福利者。
三、對於合作事業有深切認識，並熱心扶助提倡，確具事實，足資楷模者。
四、從事合作社理事、監事及其他職員工作合計五年以上者。
合作社理事、監事及其他職員經考核後，同時符合前項第一款及第二款規定者，由主管機關發給獎牌或獎狀；同時符合前項各款規定者，由主管機關詳具事實，報請中央主管機關發給獎牌或獎狀。
以詐欺或虛偽不實方法取得獎勵並經原給獎之機關查明者，應撤銷其獎勵。