本辦法依毒性化學物質管理法(以下簡稱本法)第二十八條第一款規定訂定之。
本辦法所稱運作場所，指中央研究院（以下簡稱本院）運作毒性化學物質之各研究所、研究所籌備處、研究中心及所屬相關單位。
為妥善管理毒性化學物質之運作，院方之管理權責如下：一、毒性化學物質運作管理規定之訂定及實施。
二、毒性化學物質危害預防及應變計畫之訂定及實施。
三、所屬各研究所、研究所籌備處、研究中心及所屬相關單位運作毒性化學物質之監督管理。
四、毒性化學物質運作紀錄之彙整及定期申報。
本院應設毒性化學物質運作管理會（以下簡稱管理會），負責訂定毒性化學物質運作之管理規定，管理會應置委員五人至七人，其中至少應有二人具備毒性化學物質毒理、運作技術或管理專長。
前項管理會之組成及運作，由本院定之。
運作場所運作第一類至第四類毒性化學物質，運作人應依本法及其相關法規規定申請取得許可、登記或核可文件後，始得運作。
前項毒性化學物質得貯存於運作場所內。
本院運作場所除依本法第二十條規定外，不得將毒性化學物質販賣或轉讓他人。
本院不同地址之運作場所，其毒性化學物質運作量達中央主管機關依本法第十一條第二項規定公告之大量運作基準者，應依本法第十八條規定分別設置專業技術管理人員。
運作場所運作毒性化學物質，應依毒性化學物質及其成分含量，分別按實際運作情形，依本法公告之格式記錄，逐日填寫毒性化學物質運作紀錄表，並以書面或電子檔案方式保存三年備查。
本院應將毒性化學物質運作紀錄彙整後，採網路傳輸方式於每年一月三十一日、四月三十日、七月三十一日、十月三十一日前，向運作場所所在地直轄市、縣（市）主管機關申報前三個月毒性化學物質運作紀錄表。
毒性化學物質各種運作（量）無變動者，第一項之逐日紀錄得以逐月紀錄替代之，並於每年一月三十一日前，申報前一年度毒性化學物質運作紀錄表，不受前項申報規定期限之限制。
毒性化學物質容器、包裝或其運作場所、設施之標示及物質安全資料表，應依毒性化學物質標示及物質安全資料表管理辦法規定辦理。
同一地址之運作場所運作第一類至第三類毒性化學物質之運作總量達本法第十一條第二項規定公告之大量運作基準者，應檢送該毒性化學物質之危害預防及應變計畫，報請直轄市、縣（市）主管機關備查，並依危害預防及應變計畫內容實施。