環境治理研究中心掌理事項如下：
一、大氣環境污染預防及治理技術發展之研究。
二、水域環境污染預防及治理技術發展之研究。
三、土壤、底泥污染預防及治理技術發展之研究。
四、環境流布調查及治理技術發展之研究。
五、國內環境治理學術機構與相關組織交流合作之規劃、推動及執行。
六、其他有關環境治理研究事項。