本院設下列組、中心及室：
一、綜合規劃組，分三科辦事。
二、氣候變遷研究中心。
三、環境治理研究中心。
四、檢測技術中心，分六科辦事。
五、檢測認證中心，分五科辦事。
六、環教認證中心，分四科辦事。
七、秘書室。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。