本署設下列組、室:
一、綜合規劃及農業貸款組,分三科辦事。
二、農業金融管理組,分三科辦事。
三、農業保險及資訊組,分三科辦事。
四、秘書室。
五、人事室。
六、政風室。
七、主計室。