蓮華池研究中心掌理事項如下：
一、所轄試驗林人工林與天然林之經營管理及研究。
二、臺灣藥用植物種原之保種及試驗研究。
三、森林療癒及林下經濟示範基地之管理。
四、蓮華池亞熱帶常綠闊葉森林動態樣區之經營管理及自然教育推廣。
五、苗木培育及育林技術之研究。
六、所轄試驗林之林產物處分及林地管理。
七、其他有關蓮華池試驗林研究事項。