嘉義研究中心掌理事項如下：
一、所轄試驗林人工林與天然林之經營管理及研究。
二、臺灣海岸植物種原之保種及試驗研究。
三、環境林之研究及技術服務。
四、植物園特色之經營及規劃。
五、環境林之復育及種質保存。
六、所轄試驗林之林產物處分及林地管理。
七、其他有關嘉義試驗林研究事項。