本署設下列組、室：
一、保育企劃組，分五科辦事。
二、保育管理組，分四科辦事。
三、森林管理組，分四科辦事。
四、森林產業組，分四科辦事。
五、森林育樂組，分四科辦事。
六、集水區治理組，分三科辦事。
七、秘書室，分二科辦事。
八、人事室，分二科辦事。
九、政風室。
十、主計室，分二科辦事。