中央主管機關公告海洋庇護區後，有下列各款情形之一者，應變更或廢止海洋庇護區，並準用第三條、第五條至前條規定：
一、因自然變遷或重大災害等，致海洋庇護區保育標的消失或他遷，無從恢復或保育。
二、因自然變遷或情勢變更，需擴大保育範圍。
三、海洋庇護區之功能與效用，已有其他保護區或保育措施得以替代。
四、為國家重大公共利益之需要。
五、其他經中央主管機關認定須變更或廢止。
前項海洋庇護區變更或廢止時，應併同變更或廢止海洋庇護區保育計畫。