中央主管機關就劃定海洋庇護區計畫草案，應會商有關機關提供意見，必要時得邀集有關機關、專家學者或團體現場勘查，並作成紀錄。
前項情形，涉及原住民族土地或海域部分，應會同中央原住民族主管機關，並依原住民族基本法及海洋基本法之規定辦理。