本院設董事會，置董事十一人至十五人，由監督機關就下列人員遴選，提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關代表。
二、與中醫藥研究相關之學者、專家。
三、民間企業經營、管理專家或對中醫藥有重大貢獻之社會人士。
前項第一款之董事，不得逾董事總人數三分之一；第二款之董事，不得少於董事總人數二分之一。
第一項董事，任一性別不得少於總人數三分之一。